连树香由于结实率低，幼苗易受暴雨、病虫等危害，故天然更新极困难，林下幼树极少。加之乱砍、乱伐森林，环境遭到严重破坏，致使连香树分布区逐渐缩小，日益萎缩，成片植株更为罕见。如不及时保护，连香树资源要陷入灭绝的境地。认为一方面是就地保护，加强自然保护区管理，另一方面积极采取迁地保护。已有不少植物园引种栽培连香树。南京中山植物园引种栽培的连香树已获成功，已开花结实。
分布区内已建立的自然保护区（如安徽歙县清凉峰、浙江临安西天目山、遂昌九龙山，湖北神农架，四川峨眉山、卧龙及陕西太白山等）应将连香树列为保护对象，其它产区的大树亦应保护。不少植物园和树木园已引种栽培。
