本科的系统位置及进化关系等，各学者的看法不尽一致；如A·恩格勒、A·B·伦德尔及J·布里凯等认为它由紫草科发展到唇形科而位于管花目（Tubiflorae），将马鞭草科分成7个亚科，即柱蕊亚科（Stilboideae）、马鞭草亚科（Verbenoideae）、绿花亚科（Chloanthoideae）、牡荆亚科（Viticoideae）、莸亚科（Caryopteridoideae）、六苞藤亚科（Symphoremoideae）及海榄雌亚科（Avicennioideae）。

J·哈钦森认为本科起源于茜草科，为木本的最进化一支──马鞭草目（Verbenales）。

H·N·莫尔登克及А·Л·塔赫塔江等近代分类学者都将海榄雌亚科提升为海榄雌科（Avicenniaceae），柱蕊亚科提升为柱蕊科（Stilbeaceae），将六苞藤亚科升为六苞藤科（Sym-phoremataceae），仍留在马鞭草科中的，仅有马鞭草亚科、牡荆亚科及莸亚科。

莫尔唐凯还将木樨科中的夜花属（Nyctanthes）及二米花属（Dimotra）组成夜花亚科（yotanthoideae），也因其花冠高脚碟状似大青属（Clerodendrum）而移入马鞭草科中。2100433B