少花石斛茎质地硬，直立或斜立，扁圆柱形，长达37厘米，粗6-7毫米，具多个节，有时分枝；节间棒状，长1.5-2厘米，干后黄色，具纵条棱，有光泽。叶厚肉质，二列，两侧压扁呈半圆柱形，长1.7-3厘米，宽3-4毫米，先端锐尖，基部扩大呈抱茎的鞘，中部以上向外弯。

花淡白色或淡黄色，芳香，质地薄，开展，每1-2朵花为1束，侧生于具叶或落了叶的老茎顶端和中部以上的节上；花序柄长2-4毫米，基部被3-4枚大的鞘；花苞片膜质，卵形，长1-2毫米；花梗和子房长15毫米；中萼片长圆形，长12毫米，宽5毫米，先端锐尖，具7条脉；侧萼片卵状三角形，与中萼片等长，宽8毫米，先端锐尖，基部十分歪斜，具7-8条脉；萼囊大，长2厘米，宽约1厘米，向前弯曲。

花瓣长圆形，长12毫米，宽3毫米，先端钝，具3条脉；唇瓣匙形，长2.5厘米，宽约1厘米，先端凹缺，前部边缘波状，中央具3-4条纵贯的粗厚脉纹而终止于近唇瓣的先端，上面近先端处具黄色斑点并且密布乳突状毛；蕊柱长3毫米，具长约2厘米的蕊柱足。花期7-8月。