金朝取代辽朝后，1153年从上京迁都燕京，改名为圣都，不久又称中都。 蒙古兵在马上打下了金朝的中都城，大概那时蒙古贵族还没有想好是不是要在这里常住下去，所以兵荒马乱中，金朝统治者花了不少银两建设的中都皇宫被大火焚烧，落得个"瓦砾填塞，荆棘成林"的下场。
40多年以后，成吉思汗的孙子忽必烈继承了汗位，凭着一统中国的雄心，决定把蒙古的都城迁到这里。中统元年(1260年)，忽必烈到达燕京之后，并未因原宫殿破废而苦恼，而是很舒适地住在"燕京近郊"。第二年，他下令修缮湖水(大抵是今天的中海和北海，南海尚未形成)中的一个小岛，称琼华岛。琼华岛俨然承担了新都的责任。
琼华岛水域上游就是高梁河，后来经过人工疏浚，在湖泊的东岸积土成岛。当年蒙古兵围攻中都，这里因在中都之外，幸免遇毁，宫殿也保存完整，自然也就成了忽必烈的首选之地。数年以后，以这个岛、这片湖为中心，富丽堂皇的皇城逐渐成型。湖泊东岸，是属于皇帝的"大内"，也是紫禁城的前身;湖泊西岸，分别是太子和皇太后居住的隆福宫、兴圣宫。皇城之外的大城，呈方形包绕。
1368年8月(洪武元年)明将徐达率兵攻下大都。明兵为便于军事防守，遂将北城南缩5里，另筑新城墙，由此奠定了明代北京城的北界。新建的北城墙仍然只设两个门，东为安定门，西为德胜门。明朝洪武年间，当北平尚未成为新王朝京城时，其范围和城墙情况变化并不巨大，但东、西、南三面的旧土墙已开始用砖包砌。公元1419年(永乐十七年)开始拓展南城墙，即从今东西长安街往南展拓到今前三门一线。
自明中叶起，对城楼进行了大规模修建。修筑京师九门的城楼工
程，从公元1436年(正统元年)修到公元1436年(正统四年)才完工。此时的城墙不仅建筑了城楼，门外还设立了箭楼，月牙城也建起了城楼。各门外立牌楼，城四端设立角楼。此外，又加深了城壕，并用砖石衬砌两壁。城墙与壕沟均已颇具规模。原来的城垣仅外侧有砖皮，公元1445年(正统十年)始将城垣内侧也全部用砖加以包砌。明北京城墙开有九门，那时改定的名称多沿用至今:北面有德胜门、安定门;南面有正阳门、崇文门、宣武门;东面有朝阳门、东直门;西面有阜城门、西直门。明代中后期，北京已经发展成为繁华都市，但是缺乏抵御外敌的能力。北方蒙古族甚至能冲入城内。到了1476年，定西侯蒋琬终于鼓起勇气上奏，要求在北京城外面再修一个外城，可这个建议在当时没有付诸实施。
明北京城皇城是保护紫禁城的外围城墙，主要属于内务府专伺奉紫禁城的后院。始建于1417年，城垣较元代萧墙向外扩展，西南缺角，呈不规则方形，周长近11公里。墙用明城砖砌筑，涂红土，黄琉璃瓦覆顶。在官修的书籍中，天安门为皇城的正门。天安门位于皇城南垣正中，明清时期是皇城正门。明称"承天门"，意为皇帝"承天启运，受命于天"。清初改建，并易名"天安门"。在天安门、地安门、东安门、西安门中，仅天安门得以完整保存。北京内城是明初在元大都城垣基础上改建和扩建的。
1436年修筑京师九门城楼、箭楼及城垣、桥闸，此后在城垣内壁加砌砖石，至此内城建制趋于完备，奠定了清代北京的内城城垣格局。内城周长23.3公里，东、西、北垣各建二门，南垣建三门，四隅各建角箭楼。明清北京城的一大特色，就是其严谨的城市布局。以紫禁城为核心，外围皇城、内城、外城等四道城池组成。四道城池的正中线是从南到北，由一条近8公里的中轴线所贯穿。北京建都八百余年形成"里九、外七、皇城四"的"凸"形城市规划形制和格局，整个建筑群体庄严凝重，层次鲜明，气势宏伟。明嘉靖以前，北京尚无"内城"之说，而是称之谓"城"、"大城"。历经明初数次改建，嘉靖年间修建了外城，于是出现内城、外城之别。北京的老城墙至明永乐年间开始，屡经修缮，历经沧桑。崇文门至东南城角楼一段，是现存唯一的一段明北京内城城墙，连同明北京城东南城角楼，构成明清城墙遗址比较集中的地带。从上世纪90年代开始，市政府对明城墙进行了全面修葺。已建成北京明城墙遗址公园，总面积约15.5公顷，其中城墙遗址及城东南角楼占地3.3公顷。
北京城的损毁早在清末就
开始了。首先是义和团运动和八国联军入侵北京时，正阳门城楼和箭楼(1903年被清政府修复)、崇文门箭楼和朝阳门箭楼被焚;然后是北洋军阀统治时期为修环城铁路又拆毁了几处瓮城和箭楼;日本占领时期和国民党统治时期也有不同程度的损毁。但直到解放前夕，北京城的内城还是基本完整的。
1948年冬，北京城已经被人民解放军围得水泄不通，当时攻城部队曾派一名干部密访建筑学家梁思成，向他请教城里有哪些著名建筑和文物古迹需要保护，以便攻城时避开。梁思把北京重点文物的位置准确地标在了北平军事地图上，据说毛泽东曾要求攻城部队注意保护古迹，对照这幅地图进行精确的攻击练习。1949年初，傅作义投诚，北京和平解放，北京城幸免于战火的摧残，得以完整地迎接新中国成立。
50年代初期，北京的城墙是保留还是毁灭的争论结果永久地改变了古都北京的历史风貌。 一种观点断定，城墙是古代防御的工事，现今已完全失去了它应有的作用，并正在日益阻碍和限制着城市交通的发展……另一种观点则是专家学者的声音。著名建筑专家梁思成和其学生罗哲文和留英建筑专家陈占祥提出了"梁陈方案"。该方案建议，在北京城西再建一座新城，而长安街就象是一根扁担，挑起北京新旧二城，新城是现代中国的政治心脏，旧城则是古代中国的城市博物馆。
著名的历史地理学家侯仁之先生也认为，有一条被世界
公认为"奇观之一"的万里长城。首都也有保存得比较完整的城墙与城门，同样是工事宏伟的古建筑，显示了古代劳动人民的创造力。著名建筑专家梁思成被日本人恭敬地称为"古都恩人"，因为他在二战时期曾成功地劝阻了美军对奈良和京都轰炸。这一次他为保护自己祖国的古都而呼吁:在世界上封建时代名都大邑中，北京城是唯一得以完整保留下来的。所以对它的保留具有保护世界文化遗产的意义。他建议，把宽阔的城墙顶部开辟为登高游览的地方，同时把墙外的护城河加以修砌，注以清流，对两岸进行绿化。这样就可以把北京旧城的周围形成一个具有极大特色的环城立体公园。
新中国成立后，建设北京的指导思想是把北京建设成工业城市，毛泽东曾在天安门城楼上说过，以后从这里望过去将看到一片烟囱。此后，北京市的城市规划也都是在这样的指导思想下进行的，旧城保护没有受到重视。在这样的情况下，梁思成为彻底保护旧城，提出了一个另建新城的方案。1950年2月，梁思成和建筑学家陈占祥一起提交了《关于中华人民政府行政中心位置的建议》，提出在旧城外西侧另辟新区，作为新中国的政治心脏;一条便捷的东西干道连接新旧二城，如扁担一样担起中国的政治心脏和中国的城市博物馆。这份"梁陈方案"提出后立刻被否定。 1957年，陈占祥因此被打成右派，而梁思成因彭真的提前保护，才免遭厄运。
从1952开始，北京外城城墙被陆续拆除，办法是组织市民义务劳动，或动员各单位拆墙取砖取土。几年内，北京外城的墙被全部拆除，内城的墙被拆了一半，留下一半。1953年5月，为改善交通决定把朝阳门和阜成门的城楼及瓮城拆掉，交通取直线通过。1954年，中轴线上的地安门被拆除。1956年，永定门城楼周围城墙被拆掉，1957年，永定门城楼箭楼被拆掉，拆除的理由是"妨碍交通"。1959年，修建天安门广场和人民大会堂工程中，中轴线上的中华门被拆除。1965年7月，地铁工程开始动工，内城城墙的拆除工作也随即展开。1969年，内城城墙在修建地铁和备战备荒中被彻底拆除，城砖大多用在了"深挖洞，广积粮"的全民工程设施上。
如今，当中外游客探索古都北京的城市历史时，这里仅余幸存的遗迹:在今广安门外的凤凰嘴村一带还保留了一点金代中都城的城墙的残迹;元大都城的城墙即上城已被列为北京市重点古建文物保护单位，并已建成为"元大都城垣遗址公园";明北京内城西城墙南端遗迹也进行了修复。此外，正阳门、箭楼、德胜门箭楼和东南角楼经过整修之后，也总算为这座历史文化名城提供了些许实物见证。
