液体闪烁计数器主要用于探测一些低能β核素示踪原子的放射性样品，目前已广泛的应用于工业、农业、生物医学、分子生物学、环境科学、考古与地质构造等领域科研工作中的核素示踪与核辐射测量。主要包括以下几个方面：

1 细胞与分子生物学

主要利用3H、14C、32P等放射性核素进行体内或体外标记，研究细胞生物体内核酸、蛋白质等生物大分子的合成与降解代谢及其转化途径。尤其在核酸分子标记及分子杂交、探针制备等方面应用更为广泛。

2 生物医学

利用放射免疫分析技术测定动物或人体内激素等微量活性物质，研究动物和人体体内内分泌和其它生理代谢行为。

3 动植物营养

通过对大量或微量元素标记测定，研究动物、植物对营养元素、矿质元素的吸收利用率、生理代谢及其缺素症，为研究防治对策提供依据。

4 环境科学

利用标记示踪原子，研究有毒有害物质在环境体系的行为、去向和污染程度，包括用于重金属和农药等污染研究，以及在环境中水体、大气、土壤、居室内放射性天然背景值的监测。

5 生物体中发光测定

利用单光子监测了测定生物体内发光与单光子事件和环境变化关系的研究。