在长公路隧道中，消防工作显得特别重要，因为在密闭的空间里，若发生火灾会比在空旷处更难以救援。比如[6]法国与意大利边境的白朗峰隧道曾在1999年3月24日发生火灾事故。一辆载运面粉和乳玛琳的比利时卡车在隧道内6公里处失事，引起温度一度高达摄氏1,000度如同炼狱般的熊熊大火。事故发生后，法国、意大利及瑞士三国联合救灾，花了3天才将火势扑灭，最后计有39人不幸罹难。事故地点因高温燃烧造成隧道顶拱崩塌，后续花了3年时间封闭维修才重新开放通车。

雪山隧道在防灾设计上每隔350米设有一个人行逃生出口连接导坑，每1,400米更设有两座主隧道的车行联络道，以利发生灾难时能让车辆利用对向隧道顺利离开事故现场。鉴于长隧道内行车时，驾驶可能因周遭环境单调而容易造成视觉疲劳，使得车祸更加容易发生。隧道的内壁绘制了台湾原住民服装的图案以增加景观变化，更可提醒用路人目前开到了何处。另外为了避免高速行驶应变不及发生车祸，隧道内限制行车时速在50至70公里间，同时行车安全距离须保持50米以上。违规者由台湾国道警察严格拍照告发取缔，并累积处分以确保安全。

隧道工程原本于2005年底就已经完工，但是因为消防及安全演练未完成就要开放通车，而招致当地社会很大的批评声浪，迫使台湾交通部原本打算于2006年1月19日的通车计划取消。最后依2004年原始三阶段履勘计划作业实施勘验，完成各项防救灾演练，并将履勘意见改善完成，在确保安全无虞后才在2006年6月16日下午1时正式开放通车。