四川检验检疫局内设18个处室：办公室、法制与综合业务处、稽查处、卫生检疫处、动物检验检疫处、植物检验检疫处、食品检验监督处、机电检验处、轻纺检验处、化矿检验处、检务处、科技处、认证监管处、人事处、财务处、政工处 (机关党委办公室)、监察审计室、离退休干部处。并根据工作需要分别设立了南充检验检疫局、内江检验检疫局、达州检验检疫局、绵阳检验检疫局、攀枝花检验检疫局、乐山检验检疫局、泸州检验检疫局、广元检验检疫局8个分支局，成都机场办事处、成都陆运口岸办事处、宜宾办事处、成都出口加工区办事处4个办事处，以及检验检疫技术中心、四川国际旅行卫生保健中心、中国质量认证中心四川评审中心、机关服务中心4个直属事业单位，形成了全方位的出入境检验检疫监督管理体系。
