在设计与第一阶段的建造期间，便逐渐开始有不少人士对于这个预期高达82.5亿美金的建设计划提出争议。尤其对这笔相当于美国国家航空航天局NASA兴建国际太空站(MKC)的经费，不断有相当的批评。异议者认为美国没有足够的经费，以同时负担这两个计划。

这个计划于1993年被美国国会取消。这包含了许多的原因，但真正的主因仍有争议。这些因素包括了预算的大量增加、没有得到其他国家如日本等的合作资助、能源部官员与物理学家的内部管理上对立、以及90-91年东西德统一和苏联瓦解之后冷战结束，美国不再需要证明自己在科学上的优越地位等。还有人认为同样的花费，可以为更多中小型的实验提供经费，从而有相当的科学成就。同时美国国会希望能够减少预算，而当时身为美国民主党的德州州长安·理查兹(Ann Richards)与美国总统克林顿，也不愿意支持这个由美国共和党前州长与前总统雷根与布什所发起支持的计划。还有其他如超导磁铁的生产困难等种种原因，造成了计划的中止。

超导超大型加速器计划的取消，使所在地附近南部达拉斯机场的扩张陷入停滞，并造成了周边地区(特别是达拉斯)的轻微经济衰退。计划中止前，在大量设施的建设上的花费已接近20亿美金。