1、合理选取评价指标
水电站经济运行评价需要能够对一个地区水资源状况进行综合全面的反映。因此在选择评价指标时必须要遵循以下的原则。科学性原则，指标要能够对水电站经济运行进行真实、客观的反映，因此选取的指标需要具有科学性，可以对研究区域的现状进行真实的反映。
完备性原则，指标体系中既要有对经济系统进行反映的指标，又要有对当地生态、环境、资源等系统的发展进行反映的指标，还要有能够反映出上述各个系统之间相互协调程度的各种指标。定性与定量相结合的原则。在指标体系中需要尽量的选择可以进行量化的指标，对于难以量化的指标在原则上是不予选取。对于那些难以进行量化的重要指标则可以采取定性的描述。
可操作性原则。指标体系必须要能够考虑到获取资料的现实可能性以及统计计算的可行性。指标体系不能够太过于复杂与难以量化，如果是过于复杂与难以量化，那么将很难找到一个合理的数学模型来进行评价。
实际上，对于指标的选取标准当前还并没有能够形成统一的规定，很多时候需要根据具体的对象来进行选取。在指标的选取上应该主要从社会经济、生态环境等多个方面来选取。例如在社会经济系统中可以选取运行成本、运行收益、人均水资源量、人均电力资源量、水资源利用率、水质、经济总产值等等。在生态环境系统方便可以选取的指标有植被覆盖率、干旱受灾面积、污径比、水资源供需平衡指数、生态环境用水比例以及污染百分比等等。从这些指标中可以对水电站的运行系统进行综合的评价。
2、注重评价方法的选取
在当前水电站经济运行的评价方法有很多，其中经常使用的主要数理统计方法，例如主成分分析、因子分析以及聚类分析等等，数据包络分析方法；集对分析评价方法；灰色系统理论评价方法；模糊数学；层次分析；物元分析等等。每一种方法都存在有其局限性，地域的不同以及所研究的对象不同最后所需要选择的方法也就会不同。并且这些方法很多时候都仅仅是适用于随机性、模糊性、灰色性等各种特定类型的不确定性关系的分析，很难适用于多种类型或者是耦合的不确定关系的分析。需要注意的是在当前，可以采用集对分析法，集对分析发能够较好的对确定与不确定的关系进行解决。在集对分析中，为了能够对不确定系数的取值对结果的影响，可以通过这样的方法来对结果进行确定结果：数值越大，联系度就越大，水电站的经济运行就属于哪一级。
