安全问题当一家公司打算上供应链的时候，首先考虑到的是internet上的安全问题，大部分企业都采取了一定的措施保护数据，只有拥有权限的用户能接触到与之相关的数据。

商业流程的变化真正的挑战是商业流程发生了变化，ESupplychain改变了企业的各个方面，从计划到购买到下订单。为使E-Supply chain实施成功，企业必须能够在因特网上与它的供应商、客户充分合作，交换有关存货、生产时间表、预测、提升计划和例外处理的信息。许多企业仍不愿共享某些信息，例如生产时间表，害怕这些信息会落入竞争对手手中，损害企业的利益。因此，企业应在共同的商业利益的基础上，建立与发展供应链内各成员的相互信任，这是整个供应链顺利运行的基础。

供应链中的薄弱环节Pericom Semiconductor，一家为计算机厂商生产计算机元件的小公司，不愿被迫加入电子供应链，这是许多小公司存在的问题。一些大公司，例如IBM、康柏等要求Pericom的商业流程自动化时，遭到了Pericom的反对，因为这样的话，Pericom需充足它的商业流程以适应新要求。小公司面临的来自大公司的压力是普遍的，但是这不仅仅是它们自己的问题，对于它们的商业伙伴，这些问题有增长的趋势。由于供应链是一种协作活动，一旦有一个环节不能有效运作，整个链的效率都会遭到损失。单一条供应链不可避免的会有力量较弱的成员，它们不具有与它们的商业伙伴相同的财力和技术支持。有些实力强大的成员有独占所有新供应链财务收益的意图。但从长远来看，大部分的高层管理者认为只有在所有成员之间分享投资成果才有利于供应链的成功。

利益分配财务利益的分配是公司成功的重要因素。例如，Bergen Brunswig，一个药品供应与分销商，与它的合作伙伴签订了一个协议:如果Bergen Brunswig成功降低了供应链成本，比如10%，那么Bergen Brunswig则把这部分节约的成本与合作伙伴进行分配。据Bergen Brunswig的CEO Donald R.Roden说，"这样做有助于合作伙伴之间作为一个团队来运作，如果我们把所有收益据为己有，合作伙伴就没有利益驱动。"