1958年2月，民航阜阳航站建立，隶属于民航上海管理处，是新中国成立后中国民航在华东地区设立的第一个地方航站。

3月3日开始，阜阳-合肥航班正式开通，每周3个航班。

1989年3月20日，由于运5型飞机未改装，按民航总局规定，不准载客而停飞航班。停航以后，阜阳航站主要为不定期专业飞行提供保障。

1992年4月1日，阜阳航机场恢复通航，由"东航"安徽分公司使用运5型飞机执飞阜阳-合肥航线，每周3个航班。

1994年12月26日，阜阳新机场开工兴建，同时经民航华东管理局批准，阜阳-合肥航线停航，阜阳老机场关闭。

1998年9月10日，阜阳机场扩建工程顺利通过省民航局组织的初步验收。

1999年3月28日，开通阜阳-合肥-广州航线航班，每周2个航班。

4月12日阜阳--武汉航线航班停飞，运行时间10个月，共执行航班106架次，运送旅客905人次，货邮7.85吨。

6月23日，开通阜阳-九江-厦门航线，每周3个航班。

10月29日阜阳-九江-厦门航线停航，运行4个月，执行78架次，运送旅客946人次，货邮8.46吨。

2000年7月14日，开通黄山-阜阳-北京航线，每周3个航班。

9月8日黄山-阜阳-北京航线停航，该航线运行不到2个月，执行44架次，运送旅客604人次，货邮8.4吨。

2001年7月17日阜阳-合肥-广州航线航班停飞，该航线运行28个月，执行航班422架次，运送旅客12484人次，货邮97.99吨。

2002年10月1日阜阳-上海虹桥航线航班开通，每周2个航班。

2003年3月28日，阜阳-上海虹桥航线航班因非典而停飞，运行6个月，执行80架次，运送旅客1659人次，货邮3.86吨。

8月8日，恢复开通阜阳-上海虹桥航线，每周2个航班。

11月19日，开通阜阳-合肥-上海虹桥航线，每周2个航班。

2004年3月29日，东航云南分公司采用50座 CRJ-200 型飞机执行阜阳-上海虹桥航班，自主经营，每周3个航班。

3月10日，由南航汕头公司执飞的阜阳-合肥-上海虹桥航线停飞，该航线仅运行4个月，执行58架次，运送旅客1769人次，货邮26.94吨。

3月26日，由海南航空执飞的阜阳-上海虹桥航班停飞，运行8个月，执行134架次，运送旅客2409人次，货邮7.21吨。

2006年4月，阜阳机场完成安全专项整治I类项目建设，通过了民航工程验收。

2007年11月16日，恢复开通了阜阳-合肥-上海虹桥航线，每周4个航班。

2008年2008年航班起降276架次，运送旅客4271人次。

2009年3月27日，阜阳-合肥-上海虹桥航线停飞，该航线共运行14个半月，执飞航班386架次，运送旅客7635人次，货邮26.39吨。

4月24日，开通了阜阳-广州航线，每周3个航班。

10月12日，阜阳-北京(南苑)航线开通，每周4个航班。

2010年3月28日，北京南苑-阜阳-上海虹桥航线开通，每天一班。

4月1日,南方航空公司将阜阳-广州航线增加为每周4个航班。

7月6日，南方航空公司将阜阳-广州航线调整为每天一班。

2011年4月2日，天津-阜阳-厦门航线开通，每周4个航班。

12月29日，阜阳-北京国际机场航班开通，每周3个航班。

2012年3月27日，西安-阜阳-温州航线开通，每周3个航班。