万州北站设计为跨线式高架站房，站房位于线路正上方。 车站总规模为3站台7线，其中正线为2条，到发线为5条。另预留1站台2线，暂不建设，站房主体为1层，两侧局部为2层。总建筑面积为2.5万平方米，分地下一层和地上一层、二层布局。南广场总用地面积34660平方米，总建筑面积47192平方米(地下两层、地上一层)。其中:出站换乘厅3772平方米，配套用房8593平方米，出租车等候区及广场下穿车道3102平方米，地下车库面积22376平方米，设备用房面积1974平方米，其他交通面积7375平方米;景观绿化面积5968平方米;停车位542个;配套完善给排水，电气，挡护，装修等附属设施建设。设有高铁综合维修工区一处。

在原来的方案中，万州站房规模仅6000平方米，鉴于万州正在加快建设重庆第二大城市，人流量大，经过万州大力争取，2011年下半年，原铁道部同意万州北站房规模由原来的6000平方米扩大到1.5万平方米。按照有关规范，一般区县高铁站站房面积2000-3000平米、地级市高铁站站房面积5000-8000平米，综合考虑到万州未来发展态势以及建设三峡库区重要交通枢纽的远期目标，经过大力争取，将万州北站站房面积扩大到1.5万平米。 未来将与万州轨道交通一号线无缝连接。