各类含水层补给技术虽然对地下水总体是保护作用， 但如果回补水源为风险性较高的再生水， 则需要实施严格科学的风险管理方案， 因地制宜， 确保安全性。国际上比较常见的MAR风险管理框架通过评估潜在危害和补给过程中的一系列风险因素， 确定预防措施， 以实现风险管理的目的。比如用再生水回补地下水管理框架分四方面，具体如图1所示 。
以上12项内容可保护回采水和回补后含水层外围影响区的环境质量。
简单地认为把处理到接近饮用水标准就可以回补是不妥当的。例如加氯消毒杀菌的水可导致含水层回采水氯含量超标；在一些地方将饮用水注入到含水层后，由于其与含砷的黄铁矿反应，会造成开采后砷浓度过高；源水淡化为高纯度水后，与一般的水相比能溶解更多的矿物质。
因此，风险管理需要考虑含水层与补给水相互作用， 可参考以下科学方法：
（1） 消除可持续风险： 水在通过缓冲区时通过土壤和含水层来削减危害（病原体灭活，一些微量有机物的生物降解，部分营养物的吸收）；
（2） 消除低效风险：这些风险需要在补给前消除，因为它们有的不能消除（盐度）或消除效果还没有得到验证（某些金属离子的吸附及有机物的生物降解，过量的营养物，悬浮物等）；
（3） 消除与含水层相互作用造成的风险（如金属运移、硫化氢、盐度、碱度、硬度或放射性核素）：需要提高补给水的水质以避免这些风险（如改变酸碱度、降低氧化态或减少养份）。
运用MAR技术将水回补到地下之后，根据影响范围的不同，可以将其分为五个区，分别为补给区、储存区、缓冲区、水质影响区、水力影响区。
补给区为补给设施所在位置；储存区为补给水进入含水层之后的储存区域；水质影响区为MAR运行过程中水质发生变化的区域；水力影响区为MAR运行过程中水力参数发生变化的区域。图2中虚线与补给区边界所包围的区域为缓冲区，缓冲区为MAR补给区与周围地下水水质未受影响的最大区域，随着MAR运行的停止，缓冲带将缩小和消失，最终整个含水层达到最初状态。
