应用软件是实现整个系统功能的载体，是系统最终能否发挥效用的关键所在，因此可以说管理软件的好坏决定着项目的成败。系统软件为三层结构:

(1) 数据层

数据层主要完成各类数据的采集和存储，如土壤墒情数据、气象数据、植物生长数据、渗透率等。

(2) 应用层

该层的主要工作是制定和执行轮灌计划。可根据灌溉的经验数据，以及采集的气象、土壤墒情等相关数据，制定科学合理的灌溉计划。

灌溉计划设计完成后，控制命令自动下发与首部控制器，之后由首部控制器操作田间控制器、水泵、阀门、施肥等设备的开启与关闭。在灌溉的过程中，其可根据采集的气象、土壤墒情等参数的变化情况，如降雨停灌，墒情超限停灌等，适时调整和优化灌溉计划，并提醒后台管理人员，是否按照新的优化方案执行灌溉计划。

(3) 界面层

界面层为软件设计的最上层，整个界面层设计科学、美观、易用、易维护;该层可提供丰富的数据分析，实时显示灌区的灌溉情况气象参数以及整个灌区的网络拓扑图，可结合GIS等工具多采用图形界面，能够自动生成各类数据图表。