水库蓄水会造成物种的变迁，其天然溪流季节周期性特征减弱，甚至变道或改变水流方向。导致水库周边的水文地质环境情况产生较大的变化，受到最大影响的主要是生物多样性、景观、水质、土壤以及其他一些凶素。
1、水库建成蓄水导致的生境变迁
从生态学角度讲，溪流的流速、流量、水温、水深、水质和水文周期等都是重要的生态因子1.在山谷溪流中进行小水电开发，会在很大程度上改变溪流廊道的径流特征，对溪流中物质能力的输送产生影响，同时还会对水质水文生态等造成破坏，破坏了河道中生物的数量和物种的分布，及物种的多样性和食物链同。由于溪流径流特征产生了变化，例如流量变化、水深水温变化等，同时也会对天然山谷溪流造成影响，坝前垂向水文呈现出非常明显的分层现象，水温的分层让水库下层水体温度持续的维持在低温状态下，从而造成山谷溪流水温改变，对四周的水生动植物以及两岸植被都会带来负面影响。
对于可能造成的这些问题，农村小水电站水库建设蓄水的解决措施主要有：对于会受到明显影响的一些动植物，应该结合其生存的自然环境以及分布情况，选择进行迁地保护；对于部分具备洞游特征的某些珍惜濒危以及特有水生动植物，在进行施工建设的过程中必须要根据相关法律法规建设好洄游通道、增殖放流或者异地建设保护、模拟创造人环境等手段来开展保护措施。在保证这些对策有效的前提下，施工单位才能正式进行施工，对部分路径开发的自然保护、景区或者森林公园会产生影响的施工段应该实施必要的预防治理、政策补偿措施。
2、水电站坝上下流域环境特征的影响
当小水电站筑坝完成之后，其上游的水位有了很大的增加，而流速逐渐的变小，因此常常让过去库区山谷溪流段的天然流动水自净能力降低，水库蓄水初期常常会造成库区和坝下下游水质的恶化。如果不能及时的对下游生态环境流量安排下泄，还会导致长期性的河段脱水问题。大面积的脱水断流常常会让河道水文泥沙的情况发生改变，从而对区域内的农业生产以及生活用水安全产生一定的影响。
对于农村小水电站的开发与生态环境的处理应该尽可能的让周边农民得到实惠，对于库区内淹没的农作物和植物要对农民进行补偿，根据淹没面积进行作物仙价，对水域面积进行合理的分配，同时可以扶植农户发展相关的养殖业，或者直接根据水库淹没林地补偿标准进行折算，按照每亩2800元左右进行计算。农村小水电不仅要能够正常的发电，同时还必须保障溪流段的生态用水。要逐步建立溪流段生态用水的法律保障机制，全面防止侵占生态用水的行为，制定溪流生态流量规划，确立溪流最小生态用水指标。此外，小水电站大坝建成之后往往会对溪流上游鱼类产卵带来一定的阻隔作用，从而造成鱼类种群多样性的损害，我们可以选择封区段、封溪段这样的阶梯式保护措施，逐渐的进行生态修复。
