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蓝眼菊的分类在种系发生学中曾有多次变种:
1.将蓝眼菊属内的Blaxium被分类在异果菊属中。
2.将三翅菊属从蓝眼菊属中分开。
3.将小金盏属从蓝眼菊属中分开。
4.Osteospermumsanctae-helenae分类在小金盏属中。
一些新的物种如O.australe、O.burttianum及O.potbergense亦有被发现。
