根据显微摄像头的数据接口进行分类:USB接口摄像头、IEEE1394a接口摄像头及GIGE接口摄像头。

USB即"Universal Serial Bus "，中文名称为通用串行总线。USB接口具有传输速度更快，支持热插拔以及连接多个设备的特点。目前已经在显微镜摄像头中被广泛采用。目前USB接口有三种:USB1.1、USB2.0和USB3.0。理论上USB1.1的传输速度可以达到12Mbps/秒，USB2.0可以达到速度480Mbps/秒，而USB3.0则高达5Gbps全双工(USB2.0则为480Mbps半双工)

IEEE 1394接口标准最早是由Apple公司开发的，最初称之为"FireWire"(火线)，是一种与平台无关的串行通信协议。IEEE 1394是的一个高速、实时串行标准。它支持不经HUB(集线器)的点对点的连接，最多允许63个相同速度的设备连接到同一总线上，最多允许1023条总线相互连接。因为它可以进行点对点连接，所以各连接节点上设备都是在相同位点，也就相当局域网络拓扑结构中的"对等网"一样，而不是像客户/服务器(C/S)模式。

GigE: 最新引进的标准界面，GigE仍在定义设计中， 以1000MB以太网路为基准，它供给大约108MB连续带宽(和500MB以上的Camera Link相比)，对於长度100公尺以上的标准，GigE最大的好处是讯号线加上电路规格或转换器长度可达1000公尺以上。

许多现有的设备已经能够支持该标准了。例如，2008年6月，National Instruments发布了其首款用于PXI Express的高性能双千兆以太网接口。2011年，JPLY全新推出了一款配有标准GigE Vision数字接口的500万像素显微镜摄像头。