显微镜摄像头采集到的图像数据需要在成像设备(通常是计算机)中进行显示。计算机本身是无法进行显微视频的显示和预览的。完整的显微镜成像系统还需要专业的显微镜成像软件来显示和管理摄像头传输来的数据。

显微镜成像软件的功能包括数据解码，实时预览，摄像头参数调节，图像处理，图像保存等基本功能。针对不同应用领域，成像软件还需要其他的高级功能。在金相分析上，就需要成像软件有测量、颗粒分析、纹理分析以及完整的报表输出等功能 。在血液 ，精液 分析中，又需要形态学分析、自动计数等功能。对于观测大景深的物体需要景深扩展 功能，较大的物体又需要图像拼接功能。弱光，荧光环境，又需要成像软件有伪彩增强和荧光分析 等功能。

显微镜成像软件的好坏往往会影响到整个系统的成像效果。因为在选择显微镜成像软件时，需要根据不同的领域，不同的使用环境，选择合适的软件来配合摄像头的使用。