共聚焦显微技术的应用范围包括形态学观察与测量、生物学测量蛋白质功能检测与包括在光谱测量中的其它方面的应用。
其中该技术在形态学的观察与测量方面包括亚细胞器定位，如最简单的二维定位、定量及三维定位、图像重组等。
生物学测量方面可以分为动态与静态的生物学测量，在动态与静态水平都可以同时检测活细胞或组织内游离Ca2+分布和浓度的变化(Mg2+ 、Na+ 、K+等)、自由基的动静态水平、线粒体膜电位的动静态变化及蛋白质的转位（不过静态测量时需用固定样品）。此外，动态测量还可以对药物进入细胞的动态过程进行定位分布及定量。
蛋白质功能检测[6]可分为蛋白荧光恢复的测量(FRAP)与FLIP、笼索解笼索的测量与动态/静态兼可的荧光能量共振转移(FRET)三种测量方式。
