肉苁蓉含有微量生物碱及结晶性中性物质。迷肉苁蓉含有生物碱。其根部含有肉苁蓉素，氯代肉苁蓉，8一表马钱酸（8一Epiloganic acid），6一去氧梓醇，Mussaenosidic acid，京尼平酸，益母草碱，8一表去氧马钱酸，Gluroside，Bartsioside，烯醚萜，鹅掌楸碱（Liriodendrin），（ ）一丁香脂素一Q一β一D葡萄糖甙，木脂素，肉苁蓉甙（Cistanoside）A、B、C、D、E、F，Acteoside，Echinacoside，2’一Acetyl—aceoside Ormanthuride B。还含有甘露醇，谷甾醇，丁二酸，谷甾醇一β一 D一葡萄糖甙。

肉质茎含肉苁蓉甙（cistanoside）A、B、C、H，洋丁香酚甙（acteoside），2-乙酰基洋丁香酚甙（2-acetylacteoside），海胆甙（echinacoside）七种苯乙醇甙成分，还含鹅掌楸甙（lirio-dendrin），8-表马钱子甙酸（8-epiloganic acid），胡萝卜甙（daucos-terol），甜菜碱（betaine），β-谷甾醇（β-sitosterol），甘露醇（mannitol）[1]，N，N-二甲基甘按酸甲酯（N， N-dimethylglycinemethyl ester）[2]和苯丙氨酸（phenylalanine），缬氨酸（valine），亮氨酸（leucine），异亮氨酸（isoleacine），赖氨酸（lysine），苏氨酸（serine）等十五种氨基酸[3]及琥珀酸（succinic acid），三十烷醇（TCMLIBiacontanol），多糖类。