本种近日本五针松P. parviflora Sieb. et Zucc.,但小枝无毛(仅幼枝初被疏生毛)，针叶长达8厘米;球果具短柄，种翅窄长，长为种子的2倍，容易区别。早田文藏(B. Hayata) 于1908年将台湾五针松分别定名为Pinus morrisonicola Hayata (in Gard Chron. ser. 3, 43: 194. 1908)和P. formosana Hayata (in Trans. Linn. Soc. Bot. 38: 297. t. 22. 1908, et in Journ. Coll. Sci. Univ. Tokyo 25 (19) : 217. f. 9. 1908)。复查上述文献，Gard. Chron. ser. 3, 43期，于1908年3月出版;尽管早田文藏发表P. formosana Hayata的手稿是1908年1月完成，但在Trans Linn. Soc. Bot. 38: 297的正式发表日期是1908年6月。同时，早田文藏于同年在Journ. Coll. Sci. Univ. Tokyo 25 (19): 217曾以台湾五针松并不分布在新高山为理由, 改名为P. formosana Hayata, 这是不符合国际植物命名法规的, 因此台湾五针松的有效学名应为P. morrisonicola Hayata。