藏南石斛植株矮小。茎肉质，直立或斜立，长达10厘米，从基部向上逐渐变细，当年生的被叶鞘所包，具数节，节间长约1厘米。叶二列互生于整个茎上，薄革质，狭长圆形，长25-45毫米，宽5-6毫米，先端锐尖并且不等侧微2裂，基部扩大为偏鼓状的鞘；叶鞘松松抱茎，在茎下部的最大，向上逐渐变小，鞘口斜截。

总状花序常1-4个，顶生或从当年生具叶的茎上部发出，近直立或弯垂，长2.5-5厘米，具数朵小花；花苞片狭卵形，长2-3毫米，先端急尖；花梗和子房纤细，长约5毫米；花开展，白色；中萼片狭长圆形，长 （5-） 7-9毫米，宽1.5-1.8毫米，先端渐尖，具3条脉；侧萼片镰状披针形，长7-9毫米，宽约3.5毫米，中部以上骤然急尖，基部歪斜，较宽，具3条脉；萼囊短圆锥形。

花瓣狭长圆形，长6-8毫米，宽约1.8毫米，先端渐尖，具1-3条脉；唇瓣近椭圆形，长5.5-6.5毫米，宽3.5-4.5毫米，中部稍缢缩，中部以上3裂，基部具短爪；侧裂片直立，先端渐狭为尖牙齿状，边缘梳状，具紫红色的脉纹；中裂片卵状三角形，反折，先端锐尖，边缘鸡冠状皱褶；唇盘除唇瓣先端白色外，其余具紫红色条纹，中央具2-3条褶片连成一体的脊突；脊突厚肉质，从唇瓣基部延伸到中裂片基部，其先端稍扩大；蕊柱长3毫米，中部较粗，达1毫米，上端无明显的蕊柱齿；蕊柱足长约5毫米，具紫红色斑点，边缘密被细乳突；药帽半球形，前端边缘具微齿。花期7-8月。