滇金石斛根状茎匍匐，粗4-8毫米，节间长3-7毫米，每相距3-6个节间发出1个茎。茎黄色或黄褐色，通常下垂，多分枝；第一级分枝之下的茎长2-12厘米，具2-4个节间。假鳞茎金黄色，稍扁纺锤形，长3-8厘米，粗7-20毫米，具1个节间，顶生1枚叶。叶革质，长圆形或长圆状披针形，长9-19.5厘米，宽2-3.6厘米，先端钝并且微2裂，基部收狭为很短的柄。

花序出自叶腋和叶基部的远轴面一侧，具1-2朵花；花序柄几不可见，被覆数枚鳞片状鞘；花梗和子房淡黄色，长5毫米；花质地薄，开放仅半天则凋谢，萼片和花瓣白色；中萼片长圆形，长10毫米，宽3.5毫米，先端锐尖，基部稍收狭，具3条主脉和多数横脉以及支脉；侧萼片斜卵状披针形，长10毫米，中部宽3.5毫米，先端锐尖，基部歪斜而较宽，具3条主脉和多数横脉以及支脉；萼囊与子房交成直角，长约5毫米，末端钝，淡黄色。

花瓣狭长圆形，长9毫米，宽2.2毫米，先端急尖，具3条主脉和少数横脉以及支脉；唇瓣白色，长1.2毫米，3裂；侧裂片（后唇）内面密布紫红色斑点，直立，近卵形，先端圆钝，摊平后两侧裂片先端之间的宽7毫米；中裂片（前唇）长约5毫米，上部扩大，呈扇形，宽7毫米，先端稍凹缺，凹口中央具1个短凸，后侧边缘折皱状；唇盘从后唇至前唇基部具2条密布紫红色斑点的褶脊，褶脊在后唇上面平直而在前唇上面呈深紫色并且变宽成皱波状；蕊柱粗短，正面白色并且密布紫红色斑点，长约3毫米，具长约5毫米的蕊柱足；药帽白色，半球形，前端近半圆形，其边缘具微细的齿。花期6-7月。​