杀菌速效是酸性氧化电位水作为消毒剂的显著优点，Tanaka H等人应用悬液定量杀灭实验发现，酸性氧化电位水对金黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌、粪肠球菌、绿脓杆菌等菌种的杀灭时间均小于10 s；同白色念珠菌、土曲菌和毛孢子菌作用30 s，杀灭率均大于99.90%。李新武等人将酸性氧化电位水与多种细菌及芽孢作用，对其杀菌时效性进行研究，结果表明即使在有机物干扰下，酸性氧化电位水在短时间内也有非常好的杀菌效果。
居丽雯等人通过实验发现，酸性氧化电位水在5 min内可使含量为10μg/ml的HBsAg转阴，和其他含氯消毒剂或高效氧化剂比较，如目前市售1000 mg/L浓度的84消毒剂及同浓度的ClO2，都需15 min才能使10μg/mL的HBsAg转阴，可见酸性氧化电位水破坏HBsAg的时效性更强。
