扁囊苔草为温生一中生沼泽草甸植物，多生长于森林草甸、林缘沼泽化草甸及沼泽化灌丛中。在海拔3200––4000m沼泽、半沼泽地区分布较多。其分布区的土壤多为沼泽土和亚高山草甸土及沙质土，为该地区的伴生种，盖度可达10%左右，草丛低矮，约15–30cm，伴生植物有小白花地榆，马光蒿(Pe-dicularisrhinanthoides)、发草、珠芽蓼等。扁囊苔草可行根茎繁殖，也可用种子繁殖，条件适宜时会很快形成草丛。早春萌发较早，生长快，花果期8–9月。每公顷产鲜草2100一4600kg，干草率40%左右。
