1.物料在有机化学加工过程中，其化学变化很复杂，必须抓住主要反应的最佳条件，才能得到高产量高质量的产品。有机物分子结构一般比较复杂，反应时常常不局限于某一特定部位。于是在反应过程中分子不同部位(基团)对其他反应物有反应竞争，就可能产生不同的反应产物。因此，在通过反应制备某一产物时总是伴随着一些副反应，故有机化学反应的产率一般比较低。

2.即使在最佳条件下，有机化学反应也难避免发生副反应，因此产品纯度往往较低，需经提纯才能得到目的产品。产品提纯工作在有机化工产品生产中十分重要，有时可能是最为关键的工艺步骤。

3.有机化学反应一般是分子间的反应，反应速率往往决定于分子间的无规则的碰撞。这与无机化合物易解离为离子，其间有静电引力的反应比较，反应速度要慢得多。有的反应可能需要几天甚至更长的时间才能完成。因此多数反应需要加热、震荡或搅拌以增加分子碰撞的机会，使用催化剂以增加活化分子的数目等手段。