印染废水含大量的有机污染物，排入水体将消耗溶解氧，破坏水生态平衡，危及鱼类和其它水生生物的生存。沉于水底的有机物，会因厌氧分解而产生硫化氢等有害气体，恶化环境。
印染废水大部分都偏碱性，进入农田，会使土地盐碱化，进入水体，更会影响水体的平衡。染色废水中的硫酸盐在土壤的还原条件下，还会转化为硫化物，产生硫化氢。
印染废水的色泽变化多样，，严重影响受纳水体外观。造成水体有色的主要因素是染料。一般的生化法很难去除色度，有色水体排入河流，受日光照射的影响，更不利于水生生物的生长。使用化学法去除色度，虽然脱色效果较好，但其残余物对水体的影响仍然存在。
