1）不是中央空调，空调品质差。
2）系统相对简单，冷热一体，不需专用空调机房。
3）系统设计灵活，可以为小的供冷区域配置独立系统。
4）投资高。
5）采用空气冷却，冷却效果比水冷差，机组的能效比（COP）很低（样本标定一般小于3，而实际运行时远低于2.5），空调效果差、运行费用高。在最热的天的COP更低（COP随环境温度的升高而急剧下降），运行费用很高；同样冬季采暖也存在同样的效率低的问题，且随着环境温度的下降制热量不断的降低。
6）因机组放于室外靠空气冷却，时间长了冷凝器上结满灰尘，极大的影响了换热效率，机组运行效率下降，制冷量也急剧下降，3年后基本不能满足冷量的需要，需另外加配机组。
7）一个室外机与多个室内机通过铜管连接，制冷剂在管道内，因此安装时必须保证无泄漏。而由于室内室外机安装时接点较多，有一个接点泄漏会造成整个系统空调失去效果。
8）当室内机与室外机距离过大时，会造成回油困难，影响压缩机的工作与寿命，同时影响机组的换热能力。
9）维修不便，室内维修时会破坏装修。
10）机组的数量与容量较大，维护工作量大。
11）总用电负荷大，增加了变压器配电容量与配电设施费。
12）需要通过加配其他冷水机组解决新风问题。
