1、发票开具
总、分公司收到的发票抬头都是总公司的名字，开出去的发票也全部都是总公司的名字，分公司只做核算，内部分清权责即可，不以分公司的名义对外。
2、会计档案
总公司、分公司分别设置会计账套，分别核算，分公司单独编制报表，单独保管会计档案。也就是说分公司发生的营业务凭证自己装订，会计账簿自己装订留存。每个会计期向总公司上交相应的表格，总公司做汇总报表，汇总记账。
3、核算原则
分公司所有的业务与法人公司的核算原则基本一致，都是按照国家会计制度核算。收入计入“主营业务收入”、成本计入“主营业务成本。发生的费用该计入期间费用的就计入期间费用，不要全部计入工程施工。
特殊核算一
分公司和总公司的资金往来与法人分公司不太一样。收到外部款项或者向外部支付款项可以直接使用“银行存款”科目，如果是总、分公司的内部之间的资金往来，建议使用“内部往来”。总公司有可能借钱给分公司，资金统借统还，分公司上交给总公司的管理费等。
总公司给分公司拨付借款时，总公司会计处理：
借：内部往来-借款--XX分公司
贷：银行存款
分公司会计处理：
借：银行存款
贷：内部往来-借款-总公司
内部往来在借方表示资产，在贷方表示负债。以上业务对于总公司来说内部往来等于“其他应收款”，对于分公司来说等于“其他应付款”。上交管理费分录和科目使用类似。
特殊核算二
分公司所辖工程项目赚取的利润是否有自主分配权，如果有自主分配权建议使用“本年利润”和“利润分配”。如果没有自主分配利润的权利，建议只是用“本年利润”，形成的利润从“本年利润”中结转到“内部往来-上交利润”。
分公司形成工程利润（假设未实行建造合同准则，根据开票金额和收票金额确认收入和成本）
借：应收账款 1110
贷：主营业务收入 1000
应交税费-应交增值税-销项110
借：主营业务成本 800
贷：工程施工-成本明细 800
借：税金及附加 11
贷：应交税费 11
结转收入：
借：主营业务收入 1000
贷：本年利润 1000
结转成本：
借：本年利润 800
贷：主营业务成本 800
结转税金及附加：
借：本年利润 11
贷：税金及附加 11
结转管理费用：
借：本年利润 89
贷：管理费用 89
此时分公司的本年利润贷方有余额100，如果分公司对利润有自主分配权，则这100利润应该从本年利润中结转到“利润分配”中：
借：本年利润100
贷：利润分配-未分配利润 100
如果分公司对利润没有分配权，则本年利润余额不结转到“利润分配”中，而是直接结转到“内部往来-上交利润”中。
借：本年利润
贷：内部往来-上交利润
年末当分公司将形成的利润全部上交给总公司时：
借：内部往来-上交利润
贷：银行存款
月末分公司独立编制资产负债表、利润表、现金流量表等，向总公司上交，总公司进行汇总，根据汇总表进行收入、成本、资产、负债的账务处理。
4、增值税的管理
这个是最关键的一个环节。每个建筑企业的管理都有可能大同小异，如果公司项目相对集中在某些区域，分公司又都不是法人分公司，建议总公司对增值税管理实行“票帐两条线”管理原则。
增值税发票管理
统一开票、统一认证、统一申报，分级管理、分级保管。分公司提交开票申请，总公司统一开票，总分公司都留存一联记账联。分公司取得的专票统一在总公司进行认证抵扣，发票联在分公司留存记账，抵扣联在总公司留存。如果存在跨地区提供建筑服务的，有预交增值税、企业所得税、附加税费的情况，要将预交增值税和企业所得税的完税凭证留存在总公司，分公司留存增值税和企业所得税的完税证明复印件和附加税费的原件。总公司根据当月的开票、认证负责整体的申报，可以将申报表下发至分公司，总公司做汇总；汇总的数据必须与开票和认证的发票一致。
增值税账务管理
最核心的要求就是要区分每一个分公司，甚至是每一个项目的增值税应交数和附加税费应交数。只能是通过会计科目结转实现，通过传统的“应交税费”无法直接区分，只能是结转“其他应付款”和“其他应收款”或者“内部往来”实现。不论是“总公司-分公司-项目”模式还是“总公司-分公司”模式，首先要从项目的应交数开始结转起。建筑企业与其他商贸企业不一样，建筑企业必须区分“简易计税”和“一般计税”，站在总公司的角度想要区分清楚每一个分公司的应交税费，分公司就必须区分清楚每一个项目的应交税费。总公司只对分公司，清楚区分每一个分公司应承担的增值税即可，分公司必须核算每一个项目部。只有会计核算实现了能够清楚的区分每一个分公司、项目的税负，出现某一个分公司当期只有进项没销项，另外一个分公司只有销项没进项的情况，混合抵扣，才不怕出错。
思路
从最基层核算开始，项目级核算，哪怕项目级不设帐，在分公司级账套采用项目辅助核算也可以。核算增值税时都通过“应交税费”下的具体科目按照增值税核算规则正规核算。月末，将“应交税费”科目下所有影响“应交税费-未交增值税”科目数据的科目余额全部结转到“其他应付款-上级公司（分公司或集团公司）-明细科目”。
分公司账套中的这些科目均采用辅助项功能，要求每个科目能够清晰核算区别是哪个工程项目的。项目级的结转后，项目级的应交税费科目中影响“应交税费-未交增值税”数据的科目余额为0，应交给上级公司的税费通过“其他应付款-上级公司（分公司或集团公司）-明细科目”核算。
上级公司通过“其他应收款—分公司—税费明细科目”来对接分公司的结转，但是并不直接应用分公司的结转数据，而是根据每月开具的发票计算“销项税额”，根据认证抵扣和认证转出的专票计算“进项税额”、“进项税额转出”，根据留存在预交的增值税完税凭证计算“预交增值税”，据此计算出该分公司在总公司还应该承担的增值税金额和附加税费金额。
只要总公司计算出来的数据与分公司账面结转的数一致，说明没有问题。如果不一致还需要两级财务人员手动核算不一致的数据。
