丙基硫氧嘧啶和他巴唑（甲巯咪唑）都属于硫脲嘧啶类药，它们的药理作用都能够阻止甲状腺激素的合成和改善身体免疫功能，用药以后，因为甲状腺激素减少了，最终甲亢病情得到控制。

临床上两种药的疗效没有差别，但丙基硫氧嘧啶通过胎盘比他巴唑少，对胎儿的影响较小，在妇女妊娠早期胎儿大脑发育期选用较为合适。所以，甲亢妇女怀孕的初期，当甲亢没有被控制时，应选用丙基硫氧嘧啶。丙基硫氧嘧啶在用量较大的时候，还可以减少甲状腺素(T4)在血里变为三碘甲状腺原氨酸(T3)，而T3升高时对甲亢病情的活动更加重要，这是丙基硫氧嘧啶另一个药理特点。而病人同时伴有血转氨酶升高的首先选用的是他巴唑或赛治；不少甲亢病人为了吃药方便，减少每天的吃药次数，常选用他巴唑或赛治。

从用药以后的副反应来看，丙基硫氧嘧啶比他巴唑总的反应略微小些，但是服用药物治疗甲亢副作用还是不可避免。