清朝中叶以来，中国人口发展迅速，过度的人口压力造成土地的过度开垦，各地草原耕地化以及山区开发速度加快，并在全国范围内形成几股移民浪潮。首推陕西，河西地区也接纳了不少来自全国各地的移民。嘉庆25年，肃州区人口已达历史峰值的45人。移民的活动对于推动肃州的经济发展，注入了新鲜的活力，但也带来新的矛盾。大量的矛盾出现在民间的日常生活中，比如在用水灌溉方面，秩序混乱，争讼不断．截水、争水现象频频发生，水利维修中也矛盾百出，堰渠冲淤废弛严重。土著与新移民，回族与汉族之间的矛盾尤为激烈。

19世纪中叶爆发回民起义时甘肃东部的宁夏至平原千余里，尽是回族村庄，西部的河州（今临夏）、狭道州（今临洮）、清水、张家川、河西、西宁、大通、民和、化隆、门源等地也都成为回民聚居的地方。回汉交错是西北各地城市的主要特征。

1862年“陕甘回乱”爆发。同治元年春，在太平军扶王陈得才部联合捻军进入陕西的直接推动下，关中各地回民纷起响应，当同治五年（1866）捻军梁王张宗禹等部进入陕西时，回军与捻军协同战斗，“捻回合势”曾造成西北反清革命形势的高潮。甘肃回民起义军的迅猛发展，在甘肃形成了以金积堡、河州、西宁、肃州为中心的四个反清基地，起义领袖为马化龙、马占鳌、马桂源、马文禄。其中马文禄坐镇“肃州”一度称为“肃州王”。

1866年，左宗棠接任陕甘总督，提出“先捻后回”、“先秦后陇”，“不令捻回合势”的策略。同治十一年（1872），陕甘大部“回乱”得以平息，肃州马文禄领导的起义军，成为陕甘回回义军最后汇合的堡垒。左宗棠派徐占彪进军肃州，后又加派队伍。肃州周围100多个堡垒尽被破坏，肃州被围困起来。清军日夜用炮轰城，城随坍随垒。清军掘隧道，马文禄则从城内截断。清军整整攻了18个月，肃州仍未攻下。翌年八月，左宗棠亲自到肃州督战，刘锦棠也从西宁率军前来。在其他根据地尽皆覆灭的情况下，肃州是处在清军优势兵力的包围之下，其孤立无援、压力之大，可想而知。八月间，马文禄被迫放弃了战斗，向左宗棠请罪。结果，他和另外8名领袖被磔，城内居住的回回，除土着者不准移动外，从甘州、关外、西宁、河州、循化及陕西来的回回，共1573人全被屠杀。夜间清军又进城放火，把城内回回 5400余人也全部屠杀。自此，肃州区回汉交错的民族结构被彻底打破，“汉多回少”的民族结构延续至今。

从“民国肃州地图”不难发现，肃州老城区内城均为汉民居住，吊桥十字以东的外城多为回民居住，酒泉老清真寺就坐落在外城的核心地段。这种居住结构在解放后中央新的民族政策和城墙拆除后逐步打破。

左宗棠平定“陕甘回乱”，但所谓的“乱”，依旧是人民内部矛盾，根源是民族文化差异、汉回内部阶级矛盾、团练恶行导致的。“回乱”给西北地区带来了严重的灾难，导致2200多汉回民众被屠杀，其中汉族人口占80％。甘肃损失人口1500余万。肃州区人口从嘉庆25年的45万骤降至18万人。在左宗棠后期的经营下，肃州区人口才得以逐步恢复。清朝瓦解之后，西北“五马”统治甘肃期间，甘肃回族人口也得以恢复。

从整个回乱中可以看出，西北自古以来就是各个民族杂居之地，民族政策是否合理对西北地区的安定团结起到了举足轻重的作用。只要搞好了民族团结，西北地区才会获得发展的必要条件。