1.结算方式分歧：在某项工程中，乙方根据变更后的施工图进行清单计价结算，总计1200万元，并有额外未经签字确认的洽商变更费用200万元。由于缺少竣工图和验收报告，且多项材料与做法变更有待确认，咨询公司在审计时发现乙方的结算报价与合同价格不符，认为应采用定额计价方式进行审计。这导致审定价格远低于乙方提出的结算价，双方因此陷入僵局。解决此类分歧的关键在于依照合同约定的结算方式执行。若合同规定按照清单单价结算，则应当尊重合同条款。对于无签字确认的变更项目，应依据实际发生的隐蔽工程记录、质量检验文件等资料作为结算依据。合同中若有变更处理办法，应按规定调整综合单价和措施费。
2.工程量核算依据：对于中标项目，如采用清单计价，在报价阶段未详尽计算工程量的情况下，合同允许当工程量超出3%时调整结算值。因此，在结算时应基于图纸和清单计算规则重新核对实际发生的工程量，以此确定最终结算金额。
3.合同与招标文件冲突：如果施工合同与招标文件存在矛盾，通常以合同为准，因其体现了甲乙双方的真实意图并具有法律效力。例如，合同规定清单漏项或设计变更增加新工程量时可套用定额计取措施费，则在结算时应遵循此规定。
4.管理费计取争议：若结算时实际工程量超出清单量一半以上，业主提出不允许计取超出部分的管理费，这种做法需审查合同是否有相应说明。通常情况下，工程量清单计价的原则是量变价不变，即综合单价不应因工程量增加而变动。因此，业主的做法可能不合理，除非合同中有特别规定。
5.材料变更处理：当甲方要求将镀锌钢管改为KBG电线管时，施工单位应请甲方批价，并考虑施工工艺差异重新确定该部分的综合单价。结算时应扣减原镀锌钢管费用，加入新的KBG管费用。
6.甲供材料超欠供处理：原则上按合同规定的结算方式处理甲供材料的退补。为了避免“材料超欠供”带来的经济纠纷，建议按照预算数量供应材料，并根据实际消耗情况进行调整，确保公平合理。
7.分项定额套用：对于因图纸变更而新增的分项，如预留洞封堵及防水处理，应参照现浇零星砼定额子目套用定额。考虑到实际操作中的成本问题，建议与甲方协商确定一个合理的市场价格。
8.总价合同结算原则：固定总价合同适用于特定条件下的工程项目。对于其中的清单工程量无需重算，但隐蔽工程必须做验收记录，如有变更则需要签证。若隐蔽工程未按设计要求施工，属于变更内容，需根据合同决定是否调整。
9.运距变化影响单价：如果投标时明确的运距与实际施工不一致，需检查招标清单是否指明运距。如已明确且实际运距增加，则可调整综合单价；否则不可调整。
10.工程量调整认定：对于图纸会审或设计联系单中明确的工程量调整，应在结算时予以计算，特别是对造价影响超过1%的部分。前期审核与设计变更不应累加，以免重复计算。
11.台班费用包含人工工日的处理：若现场签证中多签了本应包含在台班费用里的人工工日，结算时应分析具体构成，避免重复计算。只有在不同工种引起费用差异时才予以额外计取。
12.新增材料单价确认：对于设计要求引起的材料变更，如垫层由平铺砖改为碎砖，应按实际情况处理。对于地基处理这类新增项目，其结算方式需另行商议，但不应简单沿用投标文件中的无效单价。
13.会议记录的法律效力：经双方确认的工程结算会议记录可以视为合同的一部分。会计师事务所根据会议纪要调整结算单价的做法，在提供真实原始签证的情况下是合理的。国家审计机关应核实这些记录的真实性来定性问题。
14.包干项目参与取费合理性：对于合同中约定的包干项目，如铝合金部分，不应再进入直接费参与取费，因为包干项目已经包含了完成合格产品的全部费用。
15.投标费用实结原则：对于夜间施工增加费和零星工作费等投标计取的费用，应根据合同条款确定是否按实结算。如果是包干费用，则无论发生与否都应计取；反之则只计算实际发生的费用。
16.商品混凝土结算方式：施工单位与商品混凝土厂家的结算一般遵循合同约定。基础部分常按罐车容量（小票）结算，主体结构则按实体工程量结算，以应对基础损耗难以控制的问题。
