由于历史原因，已投入试运行多年，但仍未验收的水利工程，应根据“尊重历史，实事求是，规范管理，促进发展”的原则，妥善处理好历史遗留问题。对于工程质量资料不全，或无质量监督结论的小型水利项目，可先由项目法人委托第三方进行质量检测，形成质量评估报告，再由项目法人申请有关部门组织验收。
对于非政府投资的农村水电站项目，竣工验收可适当简化。如果政策处理工作已完成、当地政府已组织并通过清库验收、第三方的质量检测评估报告已完成、项目法人已委托第三方完成了工程决算并通过股东会审议，政府部门可组织竣工验收，但验收委员会应由专项验收组织单位和相关单位参加。水利工程未经验收或验收不合格的，不得交付使用或者进行后续施工。未经机组启动验收的水电站，电网企业及主管部门不准同意投入正式运营，不得结算上网电费。
对未经水库蓄水验收或未经机组启动验收，违法投入运行的农村水电站，相关部门应责令业主立即采取措施，停止违法行为。对存在严重安全隐患，影响公共安全的违法投入运行的水电站，电网企业或部门应立即采取解网等措施。
