（1）难以落实项目法人全面负责制，村级业主自主管理对管理水平的提高有所阻滞。目前以工程项目法人作为单位，以项目法人责任制作为核心，以建设监理制作为服务基本格局。
（2）施工队伍中普遍存在人员不齐全，没有完善的质量保障体系等一系列问题。小型水利工程建设的特征就是结构简单、工期较短和投资少，则获取的利润有限，而水利工程对参建人员整体素质及专业水平要求较高，具有项目经理相关证书的人员较有限，又以富阳市各年平均实施60～70处重点工程为例，对于浙江省有限的施工资源而言，每年施工管理项目相关专业管理人员需要近似6O个，明显这是不切实际的。
（3）部分小型水利工程监理人员没有较高的专业技术，公众的信任度不高。工程的目标管理就是监理制的重点，尤其是对于工程的造价、质量目标和进度的管理。就某种意义而言，工程监理制是我国建设管理模式向国际化模式转变的过渡。目前在实施监理制遭遇空前的“信任危机”。随着我国经济迅速发展，需要建设的水利工程数量日益增多，而我国的监理承受能力有限，又大量滥竽充数的监理人员涌入该行业，公信度也相应降低。
