沟叶结缕草抗病虫性能较强，一般情况下无病虫害发生。但每年的6~7月，由于降水时间长，空气温暖，湿度高，比较容易出现病虫害。应及时发现并防治。
锈病、雪腐病和春植丝核病是沟叶结缕草的常见病害，可用杀真菌剂如五氯硝基苯、百菌清、苯菌灵和代森锌等。
蛴螬、地老虎及其他某些夜峨类幼虫是沟叶结缕草常见的虫害，通常用地亚农、毒死蝉和福利达来防除，防治病虫害应尽量避免使用剧毒类农药。此外在平常的养护管理中，采取相应的措施预防，如深浇水、控制过多施用氮肥、修剪时刀片要锋利、早春时注意清除虫卵附着物等措施，能够取得比较理想的预防效果。
