兰科植物对其自身所处生态系统的变化非常敏感，表现为对传粉者高度的依赖性和专一性外以及与菌根真菌之间形成复杂的相互关系，因此，生态系统的破坏可能导致其传粉者和菌根真菌都受到严重影响，进而影响兰科植物的自然生长与繁育，在一定程度上，这是生境遭到破坏后，它们就成为首个从生态系统上消失的原因。
导致兰科植物濒临灭绝的另外一个重要原因是人类对野生资源无节制的采集。随着栖息地的逐渐丧失，生境遭到破坏，野外资源被无节制的采集和挥霍，再加上全球气候变暖的影响，对原有兰科植物物种的保育速度已经渐渐跟不上物种灭绝的速度。
