该科在我国可分3个亚科，即野牡丹亚科、褐鳞木亚科和谷木亚科，有25种。

野牡丹科　Melastomataceae

1. 野牡丹亚科Melastomatoideae Ser. ex DC.

1. 野牡丹族　Melastomateae

01. 金锦香属　Osbeckia Linn.

02. 耳药花属　Otanthera Blume

03. 野牡丹属　Melastoma Linn.

2. 尖子木族Oxysporeae Triana

04. 长穗花属　Styrophyton S. Y. Hu

05. 异形木属　Allomorphia Blume

06. 尖子木属　Oxyspora DC.

07. 偏瓣花属　Plagiopetalum Rehd.

08. 药囊花属　Cyphotheca Diels

09. 棱果花属　Barthea Hook. f.

10. 柏拉木属　Blastus Lour.

3. 蜂斗草族　Sonerileae Triana

11. 八蕊花属　Sporoxeia W. W. Smith

12. 野海棠属　Bredia Blume

13. 锦香草属　Phyllagathis Blume

14. 无距花属　Stapfiophyton H. L. Li

15. 异药花属　Fordiophyton Stapf

16. 肉穗草属　Sarcopyramis Wall.

17. 虎颜花属　Tigridiopalma C. Chen

18. 卷花丹属　Scorpiothyrsus H. L. Li

19. 蜂斗草属　Sonerila Roxb.

4. 藤牡丹族　Dissochaeteae Triana

20. 藤牡丹属　Diplectria Blume ex Reichb.

21. 酸脚杆属　Medinilla Gaud.

22. 厚距花属　Pachycentria Blume

2. 褐鳞木亚科　Astronioideae Naud.

23. 翼药花属　Pternandra Jack

24. 褐鳞木属　Astronia Blume

3. 谷木亚科Memecyloideae Naud.

25. 谷木属　Memecylon Linn.

本科与桃金娘科、使君子科有极为密切的亲缘关系，与千屈幕科、安石榴科及柳叶菜科也有一定的亲缘关系。