优点：

1. 低污染：使用氢气与氧气作为燃料，生成物只有水和热，若使用烃类生成水，二氧化碳和热，没有污染物。

2. 高效率：直接将燃料中的化学能转换成电能，故不受卡諾循环的限制。 3. 无噪音：电池本体在发电时，无需其他机件的配合，因此没有噪音问题。 4. 用途广泛：提供的电力范围相当广泛，小至计算器大至发电厂。

5. 无需充电：电池本体中不包含燃料，只需不断地供给燃料便可不停地发电。

缺点：

1. 燃料来源不普及：氢气的储存可说是困难又危险，而甲醇、乙醇、或天然气

缺乏供应系统，无法方便的供应给使用者。

2. 无标准化的燃料：现今市面上有以天然气、甲烷、甲醇与氢气等作为燃料的

电池，虽然提供消费者很多种选择，但因为没有单一化及标准化的燃料，要能够营利是困难的，而且燃料种类的更换有可能使现有的供应系统进行改装，产生额外的费用。

3. 体积太大：目前的燃料电池体积都还过大携带不方便。

4. 成本过高：目前燃料电池使用可以提高发电的效率的材料，但成本也就相对的高，不过经由制造技术的改进及量产，成本已下降许多。