本发明提供一种基于模板匹配的目标识别方法和系统,包括:获取原始图像与模板图像后预处理;将预处理后的模板图像的每个像素与预处理后原始图像的像素采用预设匹配算法进行相似度的遍历匹配,得到模板图像的像素在原始图像中位置的概率值,绘制位置概率曲线;对位置概率曲线进行拐点算法计算,得到概率值的门限阈值;保留原始图像中相应位置概率值大于门限阈值的像素值。该方法将原始图像与模板图像进行逐像素的相似度匹配,然后根据得到的概率曲线计算得到自适应概率阈值,将识别出的大于所述概率阈值的概率曲线上的所有对应的像素作为识别结果并显示在所述原始图像上,能够准确识别出原始图像中的目标物的数量和具体位置,识别的准确度高。