芦荟的叶片中含有超过二百种化合物，当中包括有20种矿物质、18种氨基酸、12种维生素及其他各种不同的养分，包括多种黏多糖、脂肪酸、蒽醌类及黄酮类化合物、糖、活性酶等。蒽醌类又名安特拉归农综合体(Anthraquinone complex)，有消毒杀菌的功效，主要存在于汁液里。
芦荟的表皮含有芦荟素，其主要生物活性成分为芦荟苷。芦荟苷通常被认为是具有泻下作用、被用于泻药的成分，但实际上芦荟苷在人体内与肠道菌群作用产生芦荟大黄素，芦荟大黄素通过刺激大肠蠕动产生较强的泻下作用、令服用者腹泻，强烈的腹泻会诱发孕妇产生假性宫缩，严重且频繁的假性宫缩会诱发真宫缩，从而有可能引起孕妇流产。因此芦荟必须去皮食用。
