潜流湿地水在基质表面下潜流，充分利用了整个系统的协同作用，占地少，处理效果也较好。这种湿地同样由土壤、植物（如芦苇、香蒲、美人蕉等）和微生物（如硝化细菌、反硝化细菌、嗜磷菌等）组成。水床底部具有隔水层，用于将湿地底部与地表分开，保证水流不会渗透入土层，在湿地的纵向上有一定的坡度保证水流顺畅流过。湿地进水装置是沿床宽构筑的布水沟（内置填料基质）或是布水管。污水从布水沟（或布水管）流入湿地内，沿填料基质下端形成潜流并呈水平渗滤前进，从湿地另一端排水沟流出，有时为节约湿地面积也会设计为两层或多层潜流方式。在出水端填料层底部安放多孔集水管，再与能调节床内水位的出水管相连接，从而达到控制、调节床内水位的目的。
