枢纽处于地面沉降漏斗区，工程地基为第四系陆海交替沉积层，土质松软，至改建时沉降均达1.0m左右，已不能满足设计和校核水位下的挡水要求，加之工程经长期运用及工业污水腐蚀影响，闸体老化、设备陈旧、结构破损严重。20世纪90年代相继改建，改建工程各闸主体建筑物为一级，地震设防烈度Ⅶ度；枢纽闸前洪水位及各闸泄洪流量标准未变，北运河节制闸最大限泄流量为400立方米/秒；新引河进洪闸50年一遇设计流量为380立方米/秒，100年一遇校核流量480立方米/秒；永定新河进洪闸50年一遇设计流量为1020立方米/秒，100年一遇校核流量为1320立方米/秒；枢纽闸上设计洪水位5.75m，校核洪水位6.5m 。
