天然林保护工程是一项庞大的、复杂的社会性系统工程。实施要坚持以下原则。
天然林保护工程的实施需要大量的财力和物力作保证，要根据我 ：国国民经济发展状况和中央的财力来安排工程的进度和范围，并且各 '项基础工作要跟上工程进度，如种苗基地建设要跟上营林造林建设任务等，否则，就会因为资金不足或基础工作跟不上而影响整个工程进度和质量。各实施单位因木材停产或大幅度减产，使大批伐木工人成为富余人员，需要转产安置，并且对依靠木材生产经营作为财政收入主要来源的单位造成危机，使原本就负债累累的企业雪上加霜，所以各实施单位也要根据实际情况，量力而行。
要把那些生态比较脆弱、天然林又相对集中，且正在受到破坏， 置；对区域环境、经济和社会可持续发展具有重大影响的地区，作为工程的重点。这样，首先就要对我国大江大河源头、库湖周围、水系干支流两侧及主要山脉脊部等地区实施重点保护。先期启动的省（区、市）有位于长江、黄河中上游的云南省、贵州省、四川省和重庆市，东北、内蒙古主要国有林区以及典型热带林的海南省林区。突出重点还体现在打破了现有行政区界限，以水系和山脉为重点单元。对集中连片，形成适度规模，便于集中管护和治理的地区，实施重点突破，整体推进。建立重点试验示范区，探索有效途径，积累实践经验，研究理论问题，推广实用科学技术。
事权划分就是指按照现行财政体制，根据实施主体的隶属关系和行业性质进行划分，主要体现在投资和相关配套政策上中央与地方的关系。工程实施的主体有下面3种类型：
①实施主体隶属于地方，如南方许多工程县，投资和配套相关政策主要以地方为主；
②实施主体隶属于中央，但利税等归地方，如东北、内蒙古国有森工企业局，投资和相关配套政策上由中央和地方共同负责；
③实施主体直属于中央，如大兴安岭森工集团，投资和相关配套政策上由中央全部负责。
国家林业主管部门受国务院委托，行使中央的监管权利，负责工程实施的指导、检查、监督、协调和调控。指导就是根据国家的大政方针，对工程实施的有关原则、政策、法规、办法、规程等进行指示和指点，并加以引导，从而保证工程健康顺利的进行；检查就是依据相关政策、法规和一定的办法、标准对工程实施任务完成的数量、质量和资金的使用等有关问题进行核查，及时纠正工程实施中出现的问题，总结成功经验，及时推广；监督就是对工程实施进行察看和督促，保证工程按照规划和统一部署要求实施；协调就是使工程实施单位与中央要求配合得当，促进工程上下一致，全面推进；调控就是根据工程实施的情况，从政策、资金和项目上对工程实施单位进行调节控制，引导工程实施的重点和规范工程实施行为。国家林业主管部门作为工程实施的领导主体负有领导责任。，地方负责工程的具体组织实施，包括工程实施的规划、任务的落实和完成、资金项目的管理等，地方工作的态度、方式、方法等直接影响到工程实施的效果，因此，地方作为工程实施的责任主体，应对工程的实施负全部责任。
国有林区的开发建设是新中国建设和国民经济的发展紧密联系在一起的。森工企业的建立担负着满足国家建设对木材需要的重任乙由于当时的国民经济建设的需要和对森林生态功能认识不足，多年来森工企业一直以森林采伐为主。天然林保护工程的实施，使企业失去了劳动对象，因此要转变企业的经营思想，充分发挥森林的多种效益，由采伐森林向营造林转变，企业职工大多数由采伐转向森林管护与营造林 。
