以现代林业理论、“林业分工论”、可持续发展理论为指导思想，结合社会对森林的生态和经济的不同需求，以及森林多种功能主导利用方向的不同，按照自然条件、地理位置、水系、山脉特征将林业用地划分为生态公益林和商品林两类。其中，生态公益林又根据保护程度的不同将其划分为重点保护的生态公益林（简称重点公益林）和一般保护的生态公益林（一般公益林），并分别按照各自特点和规律确定其经营管理体制和发展模式，以充分发挥森林的多种功效。
1.重点公益林
将大江大河源头、干流、一级支流及生态环境脆弱的二级支流中的第一层山脊以内的范围，大型水库、湖泊周围和高山陡坡、山脉顶脊部位及破坏容易恢复难的森林划定为重点公益林，主要包括以水源涵养林和水土保持林等为主的防护林和以国防林、母树林、种子园和风景林为主的特种用途林。对重点生态公益林区实行禁伐，禁止对所有天然林及人工林的采伐。实行重点投入，集中治理区域内的水土流失，加快治理速度，优先安排坡耕地的还林建设，以封山育林为主，人工造林、人工促进天然更新多种方式相结合，加快宜林地的造林绿化进程。重点生态公益林管护要根据森林生态系统自身的生物学特性和在维持生态平衡中的作用，建立森林生态系统管护区，采取有效措施保持生态公益林系统的自然性和完整性。积极恢复和保护现有天然林资源，强化森林生态系统自身的调节能力，努力扩大生态公益林的防护能力，充分发挥其在自然环境中的平衡作用，不断减少自然灾害的危害，促进生态系统和生活环境的良性循环，以确保国土的长治久安和水利枢纽工程的长期效能。
2.一般公益林
集生态需求与持续经营利用于一体的生态公益林划定为一般公益林，实施一般性保护。根据可采资源状况，进行适度的经营择伐及抚育伐，以促进林木生长及提高林分质量。一般生态公益林管护要采取生物资源管护实验区的管理方式，坚持因地制宜、用地养地、丰富物种、综合治理、稳产高效的建设方针，在加强森林资源保护管理的同时，积极开展科学研究、大力发展生物资源、合理进行森林多资源的开发利用，实现林业经济社会和生态环境的可持续发展。
3.商品林
在地势较平缓、立地条件较好，森林采伐后对生态环境不产生重大影响的地区划定为商品林经营区。采取集约经营的方式，以较少的土地和较短的周期，定向培育具有适度规模的以工业原料林为主的速生丰产用材林和经济林等，能解决森林资源接续，增加木材供给，提供市场所需林产品，培植新的林业经济增长点，使天然林资源切实得到保护。商品林主要包括珍贵和大径级用材林、工业纤维林、常规用材林、材脂两用林、商品竹林；以生产果品、木本粮油、饮料、调料、香料、化工原料、木本药材和木本粮食等为主的经济林；以及生产木质热能原料和生活燃料的能源林。
我国西南、西北、东北、内蒙古自治区的九大重点国有林区和海南省林区的天然林资源，集中分布于大江大河的源头和重要山脉的核心地带，占我国天然林资源总量的33%左右。这些森林是长江、黄河、澜沧江、松花江等大江大河的发源地；是三江平原、松嫩平原两大粮仓和呼伦贝尔草原牧业基地的天然屏障；是三峡水利枢纽工程等'水利设施的天然蓄水库；是祁连山、阿尔泰山、天山地区农牧业生产和人民生活用水的源泉；是我国野生动植物繁衍栖息的重要场所和生物多样性保护重要的基因库。由此构成了我国生态公益林重点保护体系。
1.长江中上游保护体系建设
主要是加强长江中上游及其发源地周围和主要山脉核心地带现有天然林资源的保护，积极营造水源涵养林和水土保持林，以涵养和改善长江中上游的水文状况，减缓地表径流，护岸固坡，防止水土流失。该体系建设的重点是保护好三峡库区及其上游的原始林和生态脆弱地区的天然林资源，同时加强营造林工程建设，增加林草植被，以减轻水土流失、泥沙淤积对水利工程的危害和威胁，充分发挥三峡水利枢纽工程等水利设施的长期效能。
2.黄河中上游保护体系建设
主要是加强黄河中上游及其发源地周围现有天然林资源的保护，积极营造水源涵养林和水土保持林，以涵养和改善黄河中上游的水文状况，缩短黄河断流时间和减少断流次数，减缓地表径流，护岸固坡，防止水土流失。该体系建设的重点是保护好小浪底工程区及其上游的原始林和生态脆弱地区的天然林资源，同时加强营造林工程建设，增加林草植被，以减轻水土流失、断流、泥沙淤积对小浪底工程的危害和威胁，充分发挥小浪底水利枢纽工程等水利设施的长期效能。
3.澜沧江、南盘江流域保护体系建设
主要是转变国有林区森工采伐企业的生产经营方向，停止天然林资源的采伐利用。并加以恢复和保护，大力营造水源涵养林和水土保持林，以改善澜沧江、元江、南盘江等江河流域发源地的水文状况，减少水土流失，防灾减灾。
4.秦巴山脉核心地带保护体系建设
主要是保护好分布于黄河流域及秦岭山脉核心地带和巴颜喀拉山高山峡谷地带的天然林资源，大力营造水土保持林和水源涵养林。建设重点是在各支流的上游及沟头经营水源涵养林，在干流和支流两岸及陡峭的沟坡上经营护岸固坡林，以增强林草植被的蓄水保土功能，减缓雨水冲刷，减少泥沙含量，同时涵养水源，调节水的小循环，减少黄河断流次数和缩短断流天数。
5.三江平原农业生产基地保护体系建设
该区域的森林主要分布在黑龙江、松花江、牡丹江等江河流域两岸及其发源地和小兴安岭、张广才岭、长白山等山脉的核心地带。其经营目标是在强化现有天然林保护的同时，积极营造水源涵养林和水土保持林，以调节地表径流，固土保肥，涵养水源，防止泥石流和山洪暴发，减少自然灾害的发生，提高粮食产量。
6.松嫩平原农田保护体系建设
主要是指松花江、嫩江冲积平原周围的生态公益林建设，以改善区域生态环境，减少水土流失，保护耕地，抵御水涝、干旱、盐碱、干热风等自然灾害，提高粮食产量。
7.呼伦贝尔草原基地保护体系建设
主要经营目标是呼伦贝尔草原牧场的水源涵养和防风固沙。加强森林资源的保护与发展，提高林草植被覆盖率，保护草原，遏制土地沙化和荒漠化扩展，是提高和恢复土地生产力，保障该地区牧业稳产高产的一项重要措施。
8.天山、阿尔泰山水源保护体系建设
主要经营方向是保护和营造水源涵养林、水土保持林和防风固沙林，加强生态公益林建设，保障该地区农牧业生产和人民生活用水，改善生存环境，提高生活质量。
9.海南省热带雨林保护体系建设
经营目标是保护、恢复和发展现有的热带林，提高林分质量，同时起到防治风蚀和涵养水源的作用，保护岛屿特有基因资源，控制水土流失，提高抵御自然灾害的能力，为生态旅游和科学实验创造条件。
重点地区实施天然林保护工程之后，木材产量将大幅度调减，致使木材供需缺口扩大，木材供给的结构矛盾加剧。通过高强度集约经营、定向培育、基地化建设、规模化生产，发展以速生丰产用材林、工业原料林及珍贵大径级用材林等为主的商品林基地建设，特别是提高现有中幼龄林的集约经营强度，为重点地区长期发挥木材生产基地的作用奠定基础，从根本上解决木材供需矛盾；通过提高森林资源利用率和木材综合利用率，加快以人工林、“三剩物”及“次、小、薪”材等为原料的林产工业建设，推广使用林产品替代物和适度开发海外资源，减轻对森林资源利用的压力，使工程区的森林尽快恢复和发展。
1.珍贵大径级用材林建设
培育目标是国内外市场紧俏的胶合板材、高档装饰材及优质家具材等珍贵和大径级用材林。针对各林区的具体条件和适生树种的分布确定为黑龙江省、吉林省林区红松、水曲柳用材林建设基地；云南省林区柚木、龙脑香热带林建设基地；陕西省、甘肃省林区云杉、水青冈用材林建设基地；大兴安岭林区樟子松、落叶松大径级用材林建设基地。
2.工业原料林建设
培育目标是国内市场缺口较大、尚需大量进口的木浆纤维用材林。重点建设分布为内蒙古自治区、大兴安岭林区落叶松、杨桦工业原料林建设工程；黑龙江省、吉林省林区冷杉、杨桦工业原料林建设工程；四川省、云南省林区松树、桉树工业原料林建设工程；陕西省、甘肃省、新疆维吾尔自治区林区松树、杨树工业原料林建设工程。
3.常规用材林建设
培育目标是直接使用原木等常规用材林。重点建设分布为陕西省、甘肃省、新疆维吾尔自治区云杉、松树常规用材林建设工程；黑龙江省、吉林省林区落叶松、阔叶树常规用材林建设工程；内蒙古自治区、大兴安岭林区落叶松、桦木常规用材林建设工程；四川省、云南省、海南省林区杉木、松树常规用材林建设工程。
4.竹林建设
培育目标是速生丰产的竹林。重点建设分布为自然条件较好的江西省、湖南省、湖北省、云南省、四川省等地。
5.名特优新经济林建设
培育目标是生产化工原料的材脂两用林，以及木本药材、调香料和果品经济林。根据最新品种试验与推广的经验，优先发展名特优新的经济林品种。重点建设分布为四川省、云南省林区材脂两用林建设工程；海南省林区热带果品林建设工程；陕西省、甘肃省林区材脂两用林建设工程；黑龙江省、吉林省林区木本药材林建设工程。
6.森林多资源综合开发
为了充分利用地力，增加商品林经营附加值，在立地条件较好的新造用材林和经济林内，采用林粮（菜、药）间作方式；利用国有林区天然林内野生动植物、微生物资源丰富的优越条件，有计划有步骤地组织职工进行综合开发，如采集山野菜、蘑菇、木耳、野生果品等等。
天然林保护工程的实施，将在短期内影响到局部地区的财政减收和群众生活水平，因而，培育新的经济增长点，提高当地群众收入，是实施天然林保护工程的重要内容，是确保天然林保护工程成功的关键。转产项目建设是天然林保护工程建设的重要一环，是妥善分流和安置好富余人员的有效途径，是解决林区人口对森林资源过分依赖的有效措施，它不仅是实施天然林保护工程的必要保障，而且也直接关系到林区的经济可持续发展和社会的稳定。林区现有的产业项目普遍存在着布局重复、结构雷同、经济规模偏小、技术含量低、所有制单一等问题。因此，调整产业结构与布局，对现有企业进行改组与改造，增加科技含量，盘活不良资产是转产项目建设的当务之急。
1.转产项目建设的原则
（1）以市场为导向，根据国家的产业政策和经济形势，结合林业行业的产业布局，合理确定和筛选转产项目，避免重复建设和形成不良资产。
（2）以高新技术为依托，要充分利用现有的科技成果，提高项目的科技含量，以实现多种经营、综合经营、集约经营和高效经营。
（3）充分发挥区域经济优势，优化资源配置。我国幅员辽阔，地区差异比较大，要结合各地实际建立林业区域经济，发挥集团优势，促进大、中、小型企业的最佳组合，实现规模经营，从而达到更高的社会经济效益。
（4）建立现代企业制度，大力发展自营经济。对现有企业按现代企业制度进行改组和改造，加大技术改造力度，以资产为纽带，加快改组力度，增强市场竞争能力，是天然林保护工程一项主要工作。要采取多种经济形式，多渠道筹措资金，多层次、多成分、多形势地发展转产项目，要结合本地的资源条件和区域经济优势，大力发展多形式的自营经济。
2.转产项目建设的主要思想
转产项目要按照市场经济的要求，以安置因木材减产形成的富余人员、以获取最大经济效益为目标，加工项目的选择应以当地的森林资源为基础，与商品林的定向培育相结合，科学论证，审慎决策。项目的筛选与确定，要建立企业决策责任制，加强项前期的决策和管理，提高项目的科学性和可行性。近期，要以资产重组、技术改造和 现有企业改建扩建为重点。转产项目要立足林区自身特点和区域优 势，充分利用林区的资源条件，合理开发利用林区多种资源。大力发展养殖业，积极开展水电、矿产资源开发、森林旅游和商贸服务以及木材综合利用与林产化工等，适时地建立起一批“短平快”项目，达到以短养长的目的。同时，提倡以家庭经济为主的种养专业户，建立若干个一头联基地、一头接市场的龙头企业。中期，要大力发展有发展潜力的林产工业和多种经营，重点抓好主导产业的建设，积极发展劳动密集型产业，尽快建成结构合理、高效益、快增长的比较发达的产业体系，以摆脱林区经济对林木资源的绝对依赖；要转换企业经营机制，确定集团战略，组建跨地区、跨行业、集林工贸和产、供、销于一体的林业集团，建立现代林业企业制度。支持发展林区的集体经济、个体经济和私营经济，支持发展家庭经济，形成以公有制经济为主体，集体经济、私营经济、外资经济为补充，多元经济共同发展的格局，使林区尽快走出“经济危困”的低谷；企业要从包揽社会中解脱出来，真正成为充满活力的市场主体；建立林区各类要素市场，逐步在林区外建立林产品市场，繁荣林区经济，拓展林产品国内外市场，参与国际竞争。
总之，要尽快完成从产品经济到商品经济、从资源经济到产业经济、从单一经济向多元经济的转变，使林区从根本上扭转“两危”局面，把林区建成产业结构合理、市场繁荣、经济发达、人民富庶、环境优美、可持续发展的新型林区。
3.林业产业区域
根据工程重点实施范围和地域资源特点，将产业区域大致划为5个区域。
（1）东北、内蒙古产业区 东北、内蒙古地区继续发挥我国商品木材主要生产基地的优势，提供国民经济和人民生活必要的原木和各种材料的锯材。相应发展木材防腐和干燥工业，重点发展制浆造纸工业，同时积极建立定向培育的造纸原料林基地。大力发展初、中级木材加工业，特别是在改善产业素质的前提下重点发展人造板工业。
（2）西南产业区 西南地区继续保持一定的木材生产能力，保持紫胶生产的传统优势，林产工业则以初、中级木材加工为主，在提高技术水平的前提下，适当发展制浆造纸工业。
（3）中南产业区 中南地区应充分发挥当地的自然、经济条件和水热资源，积极发展竹材加工和绿色食品的加工业，大力发展林区旅游业和小水电业。提高现有林产工业和林产化工的集约经营，使之向产业化发展。适度开展林果产品系列加工。
（4）西北产业区 西北地区继续保持一定的木材生产能力。大力发展中药材的开发利用。由于西北地区古代文化遗址较多，能够吸引大批中外游客，发展森林旅游前景广阔。
（5）海南产业区 海南地区发挥当地地理、资源、气候等优势，大力发展以热带雨林景观为主的旅游业、以经营橡胶、松香为主的林化工业和以道果、油柚为主的热带优质水果基地及配套果品加工业。
4.转产项目的管理
根据转产项目的性质和规模，按照国家现行有关项目管理的文件、办法等要求进行管理。
转产项目的任务指标主要指富余人员安置数量。目标和效益指标包括新增产品产量增加值、实现利税。国家林业局将根据有关管理办法，组织专家对项目进行预评估、中评估和后评估。
木材产量的大幅度调减，将有大量的富余职工需要分流和转产安置，做好林区再就业服务是天然林保护工程顺利实施的关键。
1.森林管护、营造林建设吸纳和安置富余人员森林管护分流人员主要从事林政资源管理、林业公安、森林保护等工作；营造林建设分流人员主要从事种苗生产、人工造林、抚育间伐、林分改造、未成林造林地的补植、经济林栽培等森林资源培育工作；32程保障体系建设分流人员主要从事林区道路建设和其他基础设施的新建与管护。
2.建立转产项目，提供就业机会
转产项目是经过民主科学的决策，按照市场经济的运作方式选取和建立的，应具有较好的经济效益，能够安置林区富余人员，并能够带动相关产业的发展，从而提供更多的就业机会。
3.建立多种经济成分并存的林区多种经营项目
通过多形式、多层次的再就业培训，提高下岗人员综合竞争能力和自强、自信心，引导下岗人员积极投身到市场经济的大潮中。建立个体、集体等多种经济成分并存的企业。提倡发展社会服务、养殖业等多种经营项目。
4.妥善做好离退休职工养老保险社会统筹工作
通过大力发展社会保险业，为下岗职工提供最低社会保障收入和医疗等保障，解决下岗职工的后顾之忧，同时，妥善做好离退休职工养老保险社会统筹工作。
为保证天然林保护工程公益林建设的质量，充分发挥生态公益林体系的公益效能，在建立健全组织机构、完善法规制度和强化经营管理的基础上，要加强以下五大基础保障体系建设。
1.科技教育体系建设
目前，我国已基本形成了专业齐全、人才荟萃的林业科研体系。天然林保护工程中的公益林建设，要坚持“科技是第一生产力”的指导思想，实施科教兴林战略，要充分发挥工程建设中的科技保障作用。利用现有的科技力量和科研成果，推动林业经济增长方式的转变，深化科研体制改革，调动国家、省（自治区）、国有林业局等各级科技研究人员的积极性，密切同科研、教学和生产单位的横向联系和科技协作，建立起从中央到地方集科研、开发、推广、信息服务和教育培训学科齐全、结构合理的林业科教体系。在加强科技研究与推广的同时，搞好职工培训和教育，实现科技进步与劳动者素质普遍提高相结合。建立具有良种繁育、用材林速生、经济林丰产、森林保护、水土流失治理、森林生态效益与补偿机制研究、职工教育、林业信息管理等一整套各有侧重、互为补充的科技教育体系。
（1）科技研究与推广
针对我国现有林业科研管理体制，普遍存在着人员结构不尽合理、研究内容在同一水平上重复较多、科技推广的力量和力度不够、科技成果转化率和科技进步对经济的贡献率不高等诸多问题，为了保障重点国有林区天然林保护工程的顺利实施和健康发展，必须采取一系列的积极措施。一是必须从科研人员管理体制的改革入手，建立起一支精兵高效的科研队伍；二是确定以生态公益林、商品林建设为主要研究内容的主攻方向；三是要巩固机构、健全制度、落实人员，实行科、教、企联合，面向基层，进而巩固和完善国有林区科技推广体系和试验示范体系。
（2）职工教育
积极开展以岗位培训和继续教育为重点的行业培训工作，以原林业部编制的《岗位规范和工人技术等级标准》为依据，有重点、有计划、有步骤地组织实施林业干部和工人进行岗位培训。在抓好岗位培训、教育的同时，要积极抓好下岗分流人员的再就业培训，重点是帮助过去从事木材生产的职工掌握营林作业和林区多资源综合开发的基本技能。
2.种苗繁育体系建设选用良种、培育壮苗是提高林地生产力，达到速生丰产目标的关键措施，是实现“两个根本性转变”的基础。因此，天然林保护工程必须加强种苗繁育工作，为天然林保护工程建设提供良种壮苗，建立起林木种子生产、种子贮藏与苗木繁育协调发展的种苗繁育体系。
3.基础设施体系建设
基础设施体系建设是天然林保护工程的基础和保障。缺乏良好的基础设施，对于加强营造林事业、保护好天然林资源势必造成不利影响。基础设施体系建设应遵循满足需要、突出重点、量力而行、分步实施的原则，其主要内容包括林区路网建设、林业机械设备和营林站点建设等。
4.森林保护体系建设
加强森林防火和病虫鼠害防治，制止滥砍滥伐和非法采猎，是保护和发展森林资源的关键措施，建立健全森林保护体系，是天然林保护工程的重要保障。该体系建设的主要任务和目标是，加强森林防火工作，努力降低森林火灾可能造成的损失和影响；积极开展森林病虫鼠害防治，严禁危险性病虫害的入侵和蔓延；坚决制止滥砍滥伐、无证采伐和越界采伐，确保木材调减量落实到位；依法保护和利用野生动植物资源，严厉打击非法采猎国家保护的珍稀动植物的犯罪行为。
5.林业信息管理体系建设
为切实提高国有林业局经营管理水平，真正实现林业集约化经营，保证天然林保护工程的有效实施，将利用遥感、信息处理、计算机管理等现代化技术和手段，建立林业信息管理体系，为管理者的最终决策提供准确、及时、科学的依据和优化方案。
林业信息管理体系主要由森林资源信息管理系统、天然林保护工程信息管理系统和国有林业局经营决策支持系统所组成，并建成国家林业局一省（自治区）或森工（集团）公司一国有林业局一下属国有林场的信息网络系统，实现天然林保护工程综合信息的动态管理和多级共享，为各级林业主管部门快速检索、查询和充分利用有关信息提供高容量、高效率的服务 。
