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芳香族聚酰胺反渗透复合膜是含有苯环的有机物，通常显负电性。带正电荷的有机物即使在低浓度时，也会吸附在膜的表面造成水通量的激剧下降。有机物污染的特征一般用肉眼很难判断。用高感度的傅立叶红外光谱（FT-IR）分析难以判断 时，可以采用Zeta 电位测试法帮助判断膜表面吸附情况。表面活性剂中的非离子型和两性的物质对膜性能的影响也非常严重。通常的药剂清洗很难使膜性能恢复。平常使用的家用洗洁剂因含有表面活性剂，在装填膜元件时禁止作为润滑剂使用。
