根据膜组件与生物反应器的组合位置可将膜生物反应器系统分为分置式和一体式两大类，如图1所示，其中图1（a）为分置式MBR，图1（b）为一体式MBR。分置式是指膜组件与生物系统反应器分开设置，超、微滤膜的过滤驱动力一般靠加压泵提供。一体式是指膜组件安置在生物反应器内部，通过水头压差、真空泵和其他类型泵的抽吸得到过滤液，省去了分置式的循环泵及循环管路系统，因而动力较节省。
根据膜组件中膜的材料化学组分的不同可分为有机膜（如聚砜、聚丙烯腈膜等）和无机膜（如陶瓷膜等）；根据膜孔径大小的不同可分为微滤膜、超滤膜、纳滤膜和反渗透膜，反渗透膜由于需要很高的过滤压力，动力消耗过高而在膜生物反应器中使用较少；按膜组件的形状不同又可分为管式、板框式、中空纤维式、卷式等。在分置式膜生物反应器工艺中，平板式和管式应用较多，在一体式膜生物反应器工艺中，中空纤维式和平板式应用较多。
