1、水管单位管理人员匮乏
水利工程管理单位专业技术人员严重缺乏，学历偏低是整个职工队伍的一大缺陷，组成人员以改革分流人员和退役士兵为主，整体文化程度较低，因此在能力上不能很好地适应水利工程的管理要求，在高素质人才引进方面，因缺乏相应的薪金待遇，导致人才流失和匮乏，从而影响水利工程的日常巡查和工程维修养护管理制度的执行，从而导致水利工程管理和养护受到严重影响。
2、水利工程基础设施较薄弱
目前，上世纪60年代修建的水利工程仍在使用，那是的水利工程建设在设计要求、建设标准以及施工质量等方面的要求都处于较低等级。到现在，在使用过程中，由于修建时间过长，并且技术较落后而逐渐暴露出的安全隐患以及这些水利工程中不同程度的工程问题，给人们的生活和生产带来了严重的威胁，这些水利工程一旦出现问题，将会带来严重后果，更有甚者会带来生命和巨大的财产损失。最重要的是他们起的作用越来越小，不能达到兴洪除害的最大效果。在一定程度上也影响了水利工程在我国农业发展以及经济建设中的重要地位和重大作用。
3、对管理与养护技术资料的规范性要求不高
在水利工程中的实际操作过程中，由于技术资料的整理不满足维修养护管理制度对其做出的相关规定和要求，从而导致各种各样的问题，主要表现为各类任务书的内容不完善，对工程的操作性和技术性要求不明确，以及缺乏记录、记录内容不详等方面。另外，在维修养护公司的工作方面也可能存在劳务和材料等信息的遗漏，以及机械质量方面的问题，这些问题势必会对影响工程量以及验收造成影响，从而影响工程质量，导致正常的维修养护工作无法顺利进行。
4、有关部门办事效率低
由于制度问题和一些相关部门的管理人员的个人问题，使得水利工程的管理与养护缺少资金和技术，这就影响到整个水利工程的维修及养护工程进度，导致办事效率低下，使一些水利工程出现的问题不能及时解决或者直接搁置，这些工程设备问题若不得到及时解决，对以后水利工程的安全性必是一中巨大的威胁，对水利工程枢纽工程的建设的影响，不仅会对农业生产产生较大影响，对水资源也是一种极大的浪费。另外还有些设备被偷被盗的现象时有发生，造成了不必要的损失的同时，也影响水利工程的安全性。
5、水利工程管理机构不健全
由于管理部门管理不到位，管理制度不健全使得管理人员办事不积极，对工作不重视，马马虎虎，态度消极，并且素质也不高。在水利工程的管理中有法不依、执法不严的现状更是导致了在对水利工程维修过程中以个人名义谋取利益，这些种种行为对水利工程有很大损害，不仅造成了严重的经济损失还影响了社会的和谐。
