1958年2月11日，第一届全国人大第五次会议决定撤销电力工业部和水利工业部，设水利电力部。

1979年2月23日，第五届全国人大第六次会议决定撤销水利电力部，分别设水利部和电力工业部。

1982年机构改革将水利部和电力工业部合并设水利电力部。

1988年4月，七届人大一次会议通过了国务院机构改革方案，确定成立水利部。

1988年7月22日，水利部重新组建。

根据第十一届全国人民代表大会第一次会议批准的国务院机构改革方案和《国务院关于机构设置的通知》(国发〔2008〕11号)，设立水利部，为国务院组成部门。

2018年3月，根据第十三届全国人民代表大会第一次会议批准的国务院机构改革方案，将水利部的水资源调查和确权登记管理职责整合，组建中华人民共和国自然资源部；将水利部的编制水功能区划、排污口设置管理、流域水环境保护职责整合，组建中华人民共和国生态环境部；将水利部的有关农业投资项目管理职责整合，组建中华人民共和国农业农村部；将水利部的水旱灾害防治相关职责整合，组建中华人民共和国应急管理部；为优化水利部职责，将国务院三峡工程建设委员会及其办公室、国务院南水北调工程建设委员会及其办公室并入水利部。