（一）办公厅。负责机关日常运转工作，承担信息、安全、保密、信访、政务公开、信息化、新闻宣传等工作。
（二）规划计划司。拟订水利战略规划，组织编制重大水利综合规划、专业规划和专项规划，审核重大水利建设项目建议书、可行性研究报告和初步设计。组织指导有关防洪论证工作。指导水工程建设项目合规性审查工作。组织实施中央水利建设投资计划，承担水利统计工作。
（三）政策法规司。起草水利法律法规草案和部门规章，研究拟订水利工作的政策并监督实施。指导水利行政许可工作并监督检查。承办部行政应诉、行政复议和行政赔偿工作。组织指导水政监察和水行政执法，协调跨省、自治区、直辖市水事纠纷，组织查处重大涉水违法事件。
（四）财务司。编制部门预算并组织实施，承担财务管理和资产管理工作。组织提出中央水利财政资金安排建议，并统筹协调项目实施的监督管理和绩效评价。提出有关水利价格、税费、基金、信贷的建议。
（五）人事司。承担机关和直属单位的干部人事、机构编制、劳动工资工作，指导水利行业人才队伍建设。承担水利体制改革的有关工作。
（六）水资源管理司。承担实施最严格水资源管理制度相关工作，组织实施水资源取水许可、水资源论证等制度，指导开展水资源有偿使用工作。指导水量分配工作并监督实施，指导河湖生态流量水量管理。组织编制水资源保护规划，指导饮用水水源保护有关工作。组织开展水资源调查、评价有关工作，组织编制并发布国家水资源公报。参与编制水功能区划和指导入河排污口设置管理工作。
（七）全国节约用水办公室。拟订节约用水政策，组织编制并协调实施节约用水规划，组织指导计划用水、节约用水工作。组织实施用水总量控制、用水效率控制、计划用水和定额管理制度。指导和推动节水型社会建设工作。指导城市污水处理回用等非常规水源开发利用工作。
（八）水利工程建设司。指导水利工程建设管理，制定有关制度并组织实施。组织指导水利工程蓄水安全鉴定和验收，指导大江大河干堤、重要病险水库、重要水闸的除险加固。指导水利建设市场的监督管理和水利建设市场信用体系建设。
（九）运行管理司。指导水利设施的管理、保护和综合利用，组织编制水库运行调度规程，指导水库、水电站大坝、堤防、水闸等水利工程的运行管理与划界。
（十）河湖管理司。指导水域及其岸线的管理和保护，指导重要江河湖泊、河口的开发、治理和保护，指导河湖水生态保护与修复以及河湖水系连通工作。监督管理河道采砂工作，指导河道采砂规划和计划的编制，组织实施河道管理范围内工程建设方案审查制度。
（十一）水土保持司。承担水土流失综合防治工作，组织编制水土保持规划并监督实施，组织水土流失监测、预报并公告，审核大中型开发建设项目水土保持方案并监督实施。
（十二）农村水利水电司。组织开展大中型灌排工程建设与改造，指导农村饮水安全工程建设管理工作，指导节水灌溉有关工作。组织拟订农村水能资源开发规划，指导水电农村电气化、农村水电增效扩容改造以及小水电代燃料等农村水能资源开发工作。指导农村水利社会化服务体系建设。承担协调牧区水利工作。
（十三）水库移民司。承担水利工程移民管理和后期扶持工作，组织实施水利工程移民安置验收、监督评估等制度，审核大中型水利工程移民安置规划，组织开展新增水库移民后期扶持人口核定，协调推动对口支援工作。
（十四）监督司。督促检查水利重大政策、决策部署和重点工作的贯彻落实情况。组织实施水利工程质量和安全监督。指导水利行业安全生产工作，指导水库、水电站大坝及农村水电站的安全监管。
（十五）水旱灾害防御司。组织编制洪水干旱防治规划和防护标准、重要江河湖泊和重要水工程的防御洪水抗御旱灾调度以及应急水量调度方案并组织实施。承担水情旱情预警工作。组织协调指导蓄滞洪区安全建设、管理和运用补偿工作，承担洪泛区、蓄滞洪区和防洪保护区的洪水影响评价工作。
（十六）水文司。组织指导全国水文工作，负责水文水资源（含水位、流量、水质等要素）监测工作，负责国家水文站网建设和管理。组织实施江河湖库和地下水监测。发布水文水资源信息、情报预报。
（十七）三峡工程管理司。组织提出三峡工程运行的有关政策建议，组织指导三峡工程运行调度规程规范编制并监督实施。指导监督三峡工程运行安全。组织三峡工程验收有关工作。承担三峡后续工作规划的组织实施、综合协调和监督管理。
（十八）南水北调工程管理司。协调落实南水北调工程有关重大政策和措施。组织南水北调工程竣工财务决算、审计和工程验收有关工作。制定南水北调年度供水计划并组织调度实施。指导监督工程运行管理工作。组织开展南水北调后续工程前期和建设管理工作。督促指导地方配套工程建设。
（十九）调水管理司。承担跨区域跨流域水资源供需形势分析，指导水资源调度工作并监督实施，组织指导大型调水工程前期工作，指导监督跨区域跨流域调水工程的调度管理等工作。
（二十）国际合作与科技司。承办国际河流有关涉外事务，承办国际合作和外事工作，拟订水利行业技术标准、规程规范并监督实施，组织重大水利科学研究、技术引进和科技推广。
机关党委。负责机关和在京直属单位的党群工作。
离退休干部局。负责离退休干部工作。
