因五彩椒的根系分布较浅，深度一般为25～30 cm，根系主要分布在5～20 cm土层内，且根系不耐旱又怕涝，对氧气要求严格。因此，从水、肥、农药等三个方面进行精细化管理。
改栽后浇水为栽前浇水。定植前先浇透水，诱导根系向纵深发展，有利于控制植株生长，形成壮棵。同时，先浇水还可保证地温稳定，更有利于根系的生长和缓苗。
合理施肥，养根护根。在浅层适量施用基肥，再开沟深施生物肥，可起到改善土壤、预防病害、促生新根和促使根系向纵深发展等多重作用。进入结果期后，不宜过多使用氮肥。在温度偏低时，增施生物肥或全水溶性肥料，以保证根系正常生长发育。
由于根系所需要的养分由中下部叶片提供，因此对下部叶片不要随意摘除，并且要严格防治叶部病害。坚持以预防为主，辅助化学防治。
